Ralph Merkle jest prawnukiem gwiazdy baseballu Freda Merkle'a, synem Theodore'a Charlesa Merkle'a, dyrektora Projektu Pluto (projekt rządu USA dotyczący wynalezienia silnika strumieniowego o napędzie nuklearnym) i bratem Judith Merkle Riley, autorki książek historycznych.
W 1970 Merkle skończył Livermore High School, następnie studiował informatykę na University of California w Berkeley, gdzie uzyskał stopień B.A. w 1974, a M.S. w 1977. W 1979 uzyskał doktorat (Ph.D.) z elektrotechniki na Stanford University, obroniwszy pracę zatytułowaną Secrecy, authentication and public key systems. Jego doradcą był Martin Hellman.
Od roku 1980 był managerem w projekcie udoskonalania kompilatora w firmie produkującej mikrokomputery Elxsi. W 1988, został pracownikiem badawczym w Xerox PARC. W 1999 zatrudniła go firma Zyvex na stanowisku teoretyka nanotechnologii. W 2003 został wyróżniony tytułem Distinguished Professor w Georgia Institute of Technology[1]. W 2006 powrócił do Bay Area, gdzie był Senior Research Fellow w IMM, i członkiem grona pedagogicznego w Singularity University, a także członkiem zarządu organizacji krionicznej AlcorLife Extension Foundation. W 2010 otrzymał od IEEEmedal im. Richarda W. Hamminga[2].
Merkle jest autorem sposobu komunikacji poprzez niezabezpieczony kanał: Puzzli Merkle'a. Jest współautorem kryptosystemu plecakowego (wraz z Martinem Hellmanem), znanego jako Merkle–Hellman knapsack cryptosystem; struktury Merkle'a-Damgårda (Merkle–Damgård construction), i wynalazcą drzewka Merkle'a (hash trees lub Merkle trees). Podczas pracy w Xerox PARC, Merkle zaprojektował szyfr blokowyKhufu i Khafre, a także funkcję skrótuSnefru.
Merkle jest żonaty z projektantką gier video Carol Shaw, najbardziej znaną z gry River Raid (1982)[3].
Paul Kantor (Ed), Gheorghe Mureşan (Ed), Fred Roberts (Ed), Daniel Zeng (Ed), Frei-Yue Wang (Ed), Hsinchun Chen (Ed), Ralph Merkle (Ed), "Intelligence and Security Informatics" : IEEE International Conference on Intelligence and Security Informatics, ISI 2005, Atlanta, GA, USA, May 19–20, ... (Lecture Notes in Computer Science), Springer, 2005, ISBN 3-540-25999-6.