Rafał zaczynał karierę wraz ze swym bratem Łukaszem Gikiewiczem w olsztyńskich klubach, grywając m.in. w juniorskich drużynach Stomilu. Swój seniorski debiut zaliczył jednak w barwach czwartoligowego DKS Dobre Miasto, do którego trafił w wieku 17 lat. Po krótkim pobycie w również czwartoligowego Sokoła Ostróda przez sezon 2006/2007 reprezentował barwy trzecioligowej Drwęcy Miasto Lubawskie. Następnie trafił do Wigier Suwałki, gdzie spisywał się bardzo dobrze[1]. W listopadzie 2007 przebywał na testach w Górniku Zabrze. Latem 2008 sprawdzany był w Legii Warszawa oraz w Jagiellonii[1]. 5 lipca 2008 roku podpisał 4-letni kontrakt z białostockim klubem[2][3].
Jego menadżerem został Marek Citko, który przyznał, iż transfer Gikiewicza z Wigier Suwałki do Jagiellonii Białystok był jego największym sukcesem w dotychczasowej karierze menadżerskiej[4].
Podczas gry w Dobrym Mieście był powołany na konsultację do reprezentacji do lat 18[5]. Jako bramkarz Jagiellonii w sierpniu 2009 został desygnowany do kadry U23 prowadzonej przez Stefana Majewskiego[6].
Rafał Gikiewicz zdobył z Jagiellonią Białystok Puchar Polski 2009/2010. Przed końcem meczu 1/8 finału z Arką Gdynia obronił rzut karny przy stanie 0:0 i dzięki temu zespół mógł rozegrać dogrywkę. W półfinale obronił karnego wykonywanego przez Huberta Wołąkiewicza – piłkarza Lechii Gdańsk.
30 sierpnia 2010, dwa dni przed zamknięciem okienka transferowego Gikiewicz zdecydował się wrócić do rodzinnego Olsztyna, gdzie w tamtejszym drugoligowym Stomilu Olsztyn miał występować przez rok na zasadzie wypożyczenia[7].
Jednak już po pół roku, 10 stycznia 2011 Gikiewicz podpisał czteroipółletni kontrakt ze Śląskiem Wrocław[8]. W sezonie 2011/2012 ze Śląskiem wywalczył mistrzostwo Polski. 8 kwietnia 2014 rozwiązał kontrakt z klubem[9].
Z dniem 1 lipca 2018 roku został nowym bramkarzem 1. FC Union Berlin[13]. W sezonie 2. Bundesligi 2018/2019 rozegrał wszystkie 34 mecze swojej drużyny (14 razy zachował czyste konto[14]). W spotkaniu przeciw 1. FC Heidenheim w ramach 9 kolejki zdobył gola głową w czwartej minucie doliczonego czasu gry (94') doprowadzając do remisu 1:1 (tym samym został dziewiątym strzelcem gola z gry jako bramkarz w historii 2. Bundesligi oraz dwunastym w historii 1. i 2. Bundesligi)[15][16]. W sezonie obronił jednego karnego na pięć egzekwowanych[17]. Trzykrotnie był wybierany przez serwis Kicker do składu jedenastki kolejki[18]. W punktacji meczowej za sezon prowadzonej przez Kicker uzyskał średnią notę 2,66 pkt., zajmując pierwsze miejsce w kategorii bramkarzy oraz drugie miejsce wśród wszystkich ocenianych graczy ligi[19]. Z Unionem zajął trzecie miejsce w 2. Bundeslidze, awansując do baraży, w których po dwumeczu przeciw VfB Stuttgart (2:2, 0:0) w dniu 27 maja 2019 uzyskał awans do Bundesligi, wywalczony po raz pierwszy w historii klubu[20].
29 czerwca 2020 został piłkarzem FC Augsburg, z którym podpisał kontrakt do 30 czerwca 2023[21]. Ponad trzy tygodnie po wygaśnięciu kontraktu z Augsburgiem, 22 lipca 2023 roku, Gikiewicz dołączył do tureckiej drużyny MKE Ankaragücü na podstawie rocznego kontraktu z możliwością przedłużenia o kolejny sezon[22].
Ponad trzy tygodnie po wygaśnięciu kontraktu z Augsburgiem, 22 lipca 2023 roku, Gikiewicz dołączył do tureckiej drużyny MKE Ankaragücü na podstawie rocznego kontraktu z możliwością przedłużenia o kolejny sezon. 12 sierpnia 2023 roku zadebiutował w nowej drużynie, wychodząc w pierwszym składzie na mecz 1. kolejki tureckiej Süper Lig przeciwko Kasimpasa (2:3). 21 sierpnia 2023 roku jego zespół zdobył pierwsze punkty, z Gikiewiczem pomiędzy słupkami, remisując z Adana Demirspor (1:1). Polak stał się podstawowym wyborem trenera, a takim samym rezultatem zakończył się mecz z Karagümrük z 27 sierpnia 2023 roku. W następnej kolejce polski bramkarz stanął naprzeciwko Fenerbahce (0:1)[23]. 13 lutego 2024 roku został piłkarzem łódzkiego Widzewa[24].
Kariera reprezentacyjna
Rafał Gikiewicz nie zadebiutował w reprezentacji Polski, mimo że dwukrotnie uczestniczył w zgrupowaniach kadry. Po raz pierwszy w grudniu 2011 przed meczem z Bośnią i Hercegowiną w tureckim Kundu[25], a po raz drugi wiosną 2019, kiedy Jerzy Brzęczek powołał go awaryjnie w miejsce kontuzjowanego Wojciecha Szczęsnego na zgrupowanie reprezentacji Polski przed czerwcowymi meczami z Macedonią i Izraelem[26].
.jpg)
