Od 1525 studiował w Paryżu, gdzie spotkał ludzi ze wszystkich części Europy. Został przyjęty do Collège Sainte-Barbe, najstarszej szkoły Sorbony, w której studiował i dzielił nocleg ze studentem z Nawarry Franciszkiem Ksawerym. Wówczas zaczęły się formować jego poglądy religijne, na które wpływ miały religijność ludowa, chrześcijański humanizm i scholastycyzm średniowieczny. Zaprzyjaźnił się z Franciszkiem, z którym zaczęli studiować w tym samym roku i w tym samym dniu roku 1530 otrzymali Master of Arts. Za jego pośrednictwem poznał Ignacego Loyolę, od którego otrzymywał wyjaśnienia w kwestiach religii. Ignacemu wyjaśniał filozofię Arystotelesa. W 1534 został wyświęcony na księdza i po raz pierwszy pod przewodnictwem Loyoli odbył medytacje ignacjańskie.
15 sierpnia 1534 w kościele św. Piotra na Montmartre, pod przywództwem Ignacego Loyoli wraz z pięcioma innymi absolwentami Sorbony (z których tylko Piotr Faber miał święcenia kapłańskie), złożył śluby ubóstwa, czystości i posłuszeństwa. Złożyli również obietnicę podróży do Ziemi Świętej i nawracania muzułmanów, a jeśli to będzie niemożliwe oddania się w służbę papieżowi. Loyola powrócił do Hiszpanii, żeby dokończyć rekonwalescencję, a cieszącego się spośród pozostałych największym poważaniem Piotra poinstruował, żeby pokierował podróżą reszty z nich do Włoch. Wyruszyli w listopadzie 1536. Kiedy, tak jak się umówili, w styczniu 1537 spotkali się w Wenecji, z powodu wojny z Turcją podróż na wschód była niemożliwa. Loyola i Piotr Faber udali się do Rzymu po papieską akceptację. Po otrzymaniu jej założyli Towarzystwo Jezusowe (jezuici).
Apostoł Niemiec
Papież wysłał Piotra do Parmy i Piacenzy, żeby odnowił tam życie religijne. Odwołany z powrotem do Rzymu w 1540 został wysłany do Niemiec na sejm Rzeszy w Wormacji, który nie przyniósł żadnego rozstrzygnięcia. Rok później uczestniczył na sejmie w Ratyzbonie. Ogromne wrażenie wywołał w nim rozmiar sukcesów Reformacji w Niemczech oraz stan dekadencji niemieckiego duchowieństwa. Uznał, że najlepszą metodą jest nie dyskusja z protestantami, ale reforma kościoła katolickiego, szczególnie kleru. Przez dziesięć miesięcy w Spirze, Ratyzbonie i Moguncji odbywał rozmowy ze stronnikami katolicyzmu: książętami i duchownymi. Był bezpośredni i szybko zdobywał przyjaciół. Znany był nie ze swoich kazań a z umiejętności prowadzenia dyskusji i udzielania porad duchowych. Przemierzył pieszo wiele krajów Europy i był duchowym przewodnikiem biskupów, księży, ludzi ze wszystkich stanów, prowadził i popularyzował ignacjańskie ćwiczenia duchowne. Był w tej dziedzinie wysoko cenionym specjalistą.
Został wezwany przez Loyolę do Hiszpanii, ale nie minęło pół roku i papież znowu wysłał go do Niemiec. Przez następne 19 miesięcy organizował reformę w Spirze, Moguncji i Kolonii. Arcybiskup Kolonii, Hermann von Wied skłaniał się już ku luteranizmowi (później przeszedł na luteranizm). Przez kilka miesięcy przebywał w Leuven, gdzie wynikiem jego pracy było wiele powołań. Później powrócił do Kolonii. Było to dla niego wielkie wyzwanie. Zdobywał zaufanie duchowieństwa i rekrutował wielu młodych mężczyzn do zakonu jezuitów, między innymi Piotra Kanizjusza. Ze względu na skalę działań był określany „Apostołem Niemiec”.
W latach 1544-46 kontynuował pracę w Portugalii i Hiszpanii, gdzie dał się poznać jako energiczny kaznodzieja szybko zdobywający wpływ na ludzi. Dzięki wpływom na dworze królewskim w Lizbonie ustanowił Towarzystwo Jezusowe w Portugalii. Król Portugalii Jan III Aviz chciał go uczynić Patriarchą Etiopii. W Hiszpanii wygłaszał kazania we wszystkich większych miastach, dał się poznać jako energiczny kaznodzieja i wzbudzał zapał religijny oraz przyczyniał się do wzrostu ilości powołań. Jednym z tych, których zainspirował był Franciszek Borgiasz.
W wieku 40 lat, poważnie już wyczerpany wytężoną pracą i niezliczonymi podróżami, które odbywał na piechotę, został wezwany przez papieża Pawła III by jako ekspert (peritus) w imieniu Stolicy Apostolskiej uczestniczył w Soborze Trydenckim. Zdołał jednak tylko dotrzeć do Rzymu gdzie przybył 17 lipca 1546 i osłabiony gorączką zmarł w ramionach Loyoli 1 sierpnia 1546.