W latach 2000–2006 wykładał jako profesor w Collegium Civitas (w 2006 był prorektorem ds. akademickich), następnie do 2009 pracował na stanowisku profesora nadzwyczajnego i kierownika Zakładu Systemów Komunistycznych i Zimnej Wojny w Instytucie Stosunków Międzynarodowych na Wydziale Nauk Historycznych UMK w Toruniu. W 2009 został profesorem w Instytucie Dziennikarstwa na Wydziale Dziennikarstwa i Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego.
W latach 1990–2000 był redaktorem magazynu historycznego „Mówią wieki”. Współtworzył Instytut Pamięci Narodowej, od sierpnia 2000 do stycznia 2006 był dyrektorem Biura Edukacji Publicznej IPN. W latach 2003–2007 przewodniczył zespołowi historyków zajmujących się wyjaśnianiem wydarzeń bydgoskich z 3 i 4 września 1939. W 2007 z rekomendacji posłów Platformy Obywatelskiej był kandydatem do Kolegium IPN, jednak nie został wybrany.
1 września 2008 objął funkcję głównego doradcy w Gabinecie Politycznym Prezesa Rady Ministrów i pełnomocnika prezesa Rady Ministrów ds. Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku[2]. 28 listopada 2008 minister kultury i dziedzictwa narodowego Bogdan Zdrojewski powołał go na stanowisko dyrektora Muzeum II Wojny Światowej. Kierował tą placówką do kwietnia 2017. Zasiadł także w radzie Fundacji Auschwitz-Birkenau i od 2012 w Międzynarodowej Radzie Oświęcimskiej. 19 listopada 2011 ponownie został głównym doradcą w Gabinecie Politycznym Prezesa Rady Ministrów[3]. Pełnił tę funkcję do 23 września 2014.
Der Beginn der Vernichtung. Zum Mord an den Juden in Jedwabne und Umgebung im Sommer 1941 (współautorzy: Edmund Dmitrów, Tomasz Szarota), Fibre, Osnabrück 2004.
Emigracja w polityce międzynarodowej, Biblioteka „Więzi”, Warszawa 1999.
Historia Hiszpanii (współautor: Tadeusz Miłkowski), Zakład Narodowy im. Ossolińskich, Wrocław 1998.
„Monachijska menażeria”, walka z Radiem Wolna Europa 1950–1989, IPN, Warszawa 2007.
Rozgłośnia Polska Radia Wolna Europa w latach 1950–1975 (współautor: Rafał Habielski), Wydawnictwo Ossolineum, Uniwersytet Warszawski, Instytut Studiów Politycznych Polskiej Akademii Nauk, Wrocław-Warszawa 2018.
Spory o historię 2000–2011, Społeczny Instytut Wydawniczy „Znak”, Kraków 2012.
Władysław Gomułka, Wydawnictwa Szkolne i Pedagogiczne, Warszawa 1995.
Wokół Jedwabnego (współredaktor: Krzysztof Persak), t. 1, Studia: s. 525, t. 2, Dokumenty: s. 1034, IPN, Warszawa 2002.
Zranione miasto. Poznań w czerwcu 1956 roku (współautorzy: Stanisław Jankowiak, Agnieszka Rogulska), IPN, Poznań-Warszawa 2003.
Wina, kara polityka (współautor: Andrzej Paczkowski), Znak Horyzont, Instytut Studiów Politycznych PAN, Kraków 2021.