Początki mariawityzmu w Filipowie sięgają roku 1904/1905, kiedy to Józef Hrynkiewicz, ówczesny wikary tutejszej katolickiej parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, zaczął wygłaszać kazania nawołujące do adoracji Przenajświętszego Sakramentu, rozdawał medaliki Matki Boskiej Nieustającej Pomocy[1]. Duchowny został z tego powodu przeniesiony przez władze kościelne do innej parafii, ale w 1906 powrócił jako kapłan suspendowany[1]. Nie zaprzestał jednak głoszenia nauk mariawitów, więc ostatecznie został ekskomunikowany[1]. Pociągnął za sobą część miejscowych parafian[1].
Początkowo mariawici zbierali się w domu Jana Wróblewskiego przy ul. Poświętnej, a następnie u Wojciecha Wróblewskiego na ul. Garbaskiej[1]. W 1908 zakupili budynek karczmy przy rynku z przeznaczeniem na kaplicę, zaś kolejna kaplica powstała we wsi Tabałówka[1]. Podjęli też nieudaną próbę przejęcia świątyni katolickiej pw. Wniebowzięcia NMP[1]. Mieszkańcy Filipowa nazywali potocznie mariawitów „mankietnikami”, co było określeniem stosowanym również w innych częściach Polski[1].
Według danych mariawickich w 1909 w Filipowie było około 600 wyznawców mariawityzmu, zaś dane katolickie mówiły o 450 wyznawcach na całej Suwalszczyźnie[1]. W kolejnych latach liczebność mariawitów w Filipowie przedstawiała się następująco: 1915 – 300, 1918 – 200, 1922 – 200, 1923 – 175, 1937 – 130[1]. Mariawici zamieszkiwali również wsie: Jemieliste, Motule, Tabałówkę i Zusno, a do parafii należeli też wierni z Jeleniewa, Bakałarzewa, Przerośli i Suwałk[1].
Przedmiotem sporów było używanie rzymskokatolickiego cmentarza parafialnego w Filipowie do pochówku zmarłych mariawitów[1]. Władze guberni suwalskiej nakazały grzebanie ich na cmentarzu parafialnym, jednak rzymskokatolickie prawo kanoniczne zabraniało pochówku osób wyznających herezję[1]. Administrator diecezji sejneńskiej jako kompromis zaproponował utworzenie osobnego cmentarza mariawickiego, zaś tymczasowo chowano zmarłych w sekcji cmentarza przeznaczonego dla innowierców[1].
W latach 1910–1912 ukazywało się w Filipowie czasopismo mariawitów w języku litewskim pt. „Marijavitas” (wychodzące wcześniej w Łodzi od 1909)[3]. Było to tłumaczenie na litewski czasopisma „Mariawita”, zaś jego redaktorem był Józef Hrynkiewicz[3].
Głównym źródłem dochodów parafii były przychody z prowadzenia szwalni, która jednak upadła, gdy w 1922 katolicy zaczęli bojkotować jej usługi[1]. Wcześniej, dzięki dochodom ze szwalni, postawiono w miejscu karczmy drewniany budynek, mieszczący oprócz szwalni ochronkę, kaplicę, mieszkania Hrynkiewiczów i zakonnic[1]. Budowę murowanego kościoła planowano na 1923, jednak świątynia nigdy nie powstała[1].
Według danych z 1923 roku parafia filipowska liczyła 715 wiernych, posiadała dom parafialny, w który mieściła się kaplica, bezpłatna ochronka dla dzieci, sala zajęć dla dziewcząt, szwalnia i tkalnia oraz prowadzone były kursy dla analfabetów. Parafia posiadała własne gospodarstwo rolne i ogród warzywno-owocowy. Posiadała również filię w Suwałkach, gdzie było 50 wiernych oraz kaplica domowa[4].
Parafia wchodziła w skład diecezji lubelsko-podlaskiej[2]. W latach 60. XX wieku[1], do Płocka wyjechał proboszcz mieszkający na stałe przy parafii – Rafał M. Karol Miros i cztery zakonnice. Ostatnim proboszczem, który mieszkał na stałe przy parafii w latach 1968–1970 był kapłan Mieczysław M. Kazimierz Kaczmarski. W późniejszym czasie parafia była obsługiwana przez kapłanów dojeżdżających z Płocka. Adoracja ubłagania w parafii (później punkcie duszpasterskim) w Filipowie była odprawiana 30. dnia każdego miesiąca (oraz w ostatni dzień lutego)[5].
W 2000 spłonęła kaplica, zaś wcześniej rozebrano dwa domy należące do parafii[1]. Jednak do Filipowa co roku w czasie wakacji przyjeżdża młodzież mariawicka[1].
