Na terenie Generalnego GubernatorstwaKościół Metodystyczny został zalegalizowany 22 kwietnia 1941. Po przystąpieniu Stanów Zjednoczonych do wojny z III Rzeszą niemieckie władze internowały amerykańskich duchownych Kościoła łącznie z superintendentem naczelnym dr. Gaitherem Warfildem (1896–1986)[1]. Wówczas superintendentem Kościoła Metodystycznego w Generalnym Gubernatorstwie został ks. prezbiter Konstanty Najder[2].
Pastor Konstanty Najder jako osoba narodowości polskiej musiał opuścić katowicką parafię, ponieważ miasto zostało bezpośrednio włączone do III Rzeszy. Osiedlił się w Krakowie i jeszcze w 1941 roku zorganizował miejscową parafię. Pierwsze nabożeństwa odprawiał on w swoim mieszkaniu przy ulicy Starowiślnej. Pierwsza zaś kaplica znajdowała się przy ul. Stradom. Potem przez wiele lat, metodyści krakowscy gromadzili się przy ul. Wiślnej 4[3].
Od 1995 roku nową siedzibą krakowskich metodystów jest budynek kościelny przy ul. Długiej 3, w którym znajduje się kaplica i administracja parafii[3].
Zbór nosi oficjalnie imię Andrzeja Frycza-Modrzewskiego. Od 2003 r. pastorem zboru krakowskiego jest ks. Józef Bartos. Zborowi krakowskiemu podlega filiał w Chrzanowie.
