W 1923 roku misjonarze św. Wincentego a Paulo zostali zaproszeni do Bydgoszczy przez kardynała Edmunda Dalbora, prymasa Polski. Władze miasta wyznaczyły teren pod budowę kościoła i szkoły. Prace przygotowawcze pod budowę bazyliki rozpoczęto w 1924 roku. Pierwszym proboszczem został ks. Antoni Mazurkiewicz CM.
W 1931 roku rozpoczęło działalność Prywatne Gimnazjum Zgromadzenia Księży Misjonarzy w Bydgoszczy. Misjonarska szkoła funkcjonowała zaledwie dwa lata. Ze względu braków kadrowych i finansowych szkołę zamknięto, a uczniów przeniesiono do Krakowa.
Prace budowlane trwały do 1935 roku. Do wybuchu II wojny światowej kopułę pokryto dachem i pobudowano wewnętrzne schody łączące Dom Zgromadzenia z kościołem.
Dnia 5 września wojsko niemieckie zajęło dom Zgromadzenia Misji. W tzw. Krwawą Niedzielę, 9 września, na Starym Rynku zostali rozstrzelani pracujący w parafii: ks. Piotr Szarek i ks. Stanisław Wiorek. W lesie gdańskim zostali rozstrzelani: proboszcz i superior Domu ks. Jan Wagner CM i ks. Hieronim Gintrowski CM. Do obozu koncentracyjnego zostali wywiezieni: ks. Kazimierz Całka CM i ks. Edward Brandys CM. 16 września zamknięto kościół i przeznaczono go na magazyn dla niemieckich wojsk i policji. W 1945 roku wycofujące się wojska niemieckie podpaliły kościół.
Po wojnie prace budowlane przy odbudowie i wyposażaniu kościoła trwały do 1980 roku, kiedy dokonano konsekracji kościoła. W 1997 roku, w Gnieźnie, podczas Mszy świętej papież Jan Paweł II ogłosił kościół Św. Wincentego a Paulo w Bydgoszczy bazyliką mniejszą[1].
Działalność duszpasterska i charytatywna
W parafii działa wiele grup duszpasterskich, m.in. duszpasterstwo akademickie "Stryszek", chór Vincentinum, Młodzież Misjonarska, Młodzi+, Stowarzyszenie Cudownego Medalika, Wincentyńska Poradnia Rodzinna, wspólnota Barka, grupa modlitwy św. Ojca Pio, wspólnota Magnificat[2].
Przy parafii działa Stowarzyszenie Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo, które prowadzi:
stołówkę dla ubogich (wydaje około 200 posiłków dziennie i 37 ton żywności w ciągu roku);
punkt medyczny wraz z apteką i ambulatorium (średnia ilość pacjentów około 30 osób miesięcznie);
punkt konsultacji prawnej;
punkt wydawania odzieży, sprzętu AGD;
spotkania w zakresie szkoleniowym;
rekolekcje dla biednych i ubogich;
dom interwencyjny dla ubogich i potrzebujących przy ul. Nasypowej;
