Pierwszy spektakl operowy w Gdańsku („Le nozze d’Amore e di Psiche” Marco Scacchiego) wystawili w 1646 roku artyści teatru królewskiego z okazji przyjazdu małżonki króla Władysława IV – Ludwiki Marii Gonzagi. Dla umożliwienia jego wystawienia rozbudowano Szkołę Szermierczą, by mogła zmieścić trzy tysiące widzów. W następnych latach obiekt wykorzystywały zespoły przyjezdne, a stały teatr opery rozpoczął działalność w 1753 roku, zaś w 1773 r. wzniesiono dla niego nową siedzibę[3].
Już po zaborach aktor Teatru Narodowego Tomasz Truskolaski wystawił pierwszą operę w języku polskim – „Wesele wiejskie”. W następnych latach opera w Gdańsku rozwijała się, a jej wysoką rangę poświadcza wystawianie premier kolejnych spektakli krótko po prapremierach[3].
3 września 1915 została otwarta hala sportowo-widowiskowa na 2000 miejsc (niem.Sporthalle). Hala została po II wojnie światowej adaptowana na siedzibę opery[4]. Gmach (z dobudowanym reprezentacyjnym foyer) uzyskał obecny kształt w 1982[5]. Jest to najmniejsza sala operowa w Polsce.
Pierwsza premiera Studia Operowego, uważana za początek historii Opery Bałtyckiej, odbyła się 28 czerwca 1950, kiedy to wystawiono Eugeniusza OnieginaPiotra Czajkowskiego. 1 maja 1953 Studio Operowe i Orkiestra Filharmoniczna zostały połączone w Państwową Operę i Filharmonię Bałtycką, mieszczącą się w obecnym budynku przy alei Zwycięstwa 15. W ciągu wielu lat dokonywano różnych przeróbek, adaptacji i modernizacji starego budynku, rozpoczętych przebudową sceny w 1955, a później, w latach 1972–1982, reszty budynku. W 1974 utworzono nową orkiestrę filharmoniczną, która odtąd pełniła funkcję Filharmonii Bałtyckiej, podczas gdy stara orkiestra pozostawała głównie orkiestrą operową. Obie instytucje kierowane były przez tego samego dyrektora naczelnego i pozostawały pod jednym dachem. Dopiero w roku 1994 rozdzielono definitywnie operę od filharmonii (filharmonia zmieniła siedzibę i dyrektora) i opera stała się samodzielną instytucją artystyczną pod nazwą Państwowa Opera Bałtycka.
W sezonie artystycznym 2009/2010 Opera Bałtycka obchodziła sześćdziesiątą rocznicę swego powstania.
Spektakle produkowane przez Operę Bałtycką brały udział w licznych międzynarodowych projektach. Wielkim sukcesem była Nagroda Niemieckich Krytyków, w 1986 roku gdańskie „Nabucco” uznano za najlepsze przedstawienie zagranicznego prezentowane na niemieckich scenach[6]. W 2008 roku spektakl „Gwałt na Lukrecji” Benjamina Brittena otrzymał dwie nagrody na międzynarodowym festiwalu operowym pod patronatem Mezzo TV w Segedynie na Węgrzech. Dodatkowym profitem było ponowne zaproszenie Opery Bałtyckiej do projektu.
W sezonie 2011/2012 Opera Bałtycka przygotowała światową prapremierę opery Elżbiety Sikory „Madame Curie”. Dzieło to powstało na zamówienie Opery Bałtyckiej i po raz pierwszy zostało zaprezentowane publiczności w Paryżu (listopad 2011), w ramach oficjalnego Programu Kulturalnego Polskiej Prezydencji w Radzie UE. Dwa lata po premierze film z tego spektaklu dostał główną nagrodę wydawców francuskich „Orfeusz”.
W sezonie 2012/2013 w Operze miało miejsce kolejne przedsięwzięcie – premiera dzieła Szostakowicza i jego uczniów, czyli „Skrzypce Rotszylda” Flejszmana w reżyserii Weissa oraz „Gracze” Szostakowicza/Meyera w reżyserii Andrzeja Chyry. Kolejny sezon rozpoczęła premiera opery Krzysztofa Pendereckiego „Ubu Rex” w reżyserii Janusza Wiśniewskiego.
23 kwietnia 2012 zmieniono nazwę Państwowej Opery Bałtyckiej. Nową nazwą jest: Opera Bałtycka w Gdańsku[7].
W 2014 w organizowanych przez Operę koncertach udział wzięło 41.089 osób[8].
W 2017 Opera zanotowała 50 194 widzów (wobec 34 200 widzów w 2016) oraz przychody ze sprzedaży biletów w wysokości 1 828 000 zł (wobec 1 015 056 zł rok wcześniej)[9].
