Nowe Guty są jedną z najstarszych miejscowości w okolicy – archeologowie odkryli ślady osady wczesnopruskiej, lecz nie zostały one do dziś zbadane. Etymologia słowa Gutten sprowadza się do nieznanego założyciela osady – tajemniczego Gutta (Gussa), którego duch bezsprzecznie obecny jest po dziś dzień na tych terenach. Data powstania staropruskiej osady jest trudna do ustalenia – wiadomo, że istniała przed rokiem 1450.
W 1450 roku Nowe Guty wymienione były jako wieś zwana Gussepilcke. Potem spotykamy kolejne formy zapisu – Guttloffker (1483), Gutten (1493) oraz Guthen, i w zasadzie ta druga forma w źródłach historycznych występuje prawie wyłącznie. Pierwotna nazwa – Gussepilcke sugeruje pochodzenie pruskie. Jest to nazwa dwuczłonowa, w której Gusse może być zniekształconą w dokumencie późniejszą nazwą osobową Gutte, zaś drugi jej człon pilcke prawdopodobnie pochodzi od pilis, pilkalnis, co w językach bałtyjskich oznacza gród. Można wnioskować, iż pierwotnie Nowe Guty były grodem jakiegoś Prusa Gutta, względnie Gussa. Po wojnach krzyżackich nazwa Gutten pozostaje, by już w czasach współczesnych przed 1945 rokiem figurować jako Seegutten. W wersji niemieckiej wioska została nazwana Gutten; po polsku nazwę tę wymawiano Guty. Bezpośrednio po II wojnie światowej funkcjonowała nazwa Guty Nadjeziorne.
Bartek Schmidt jako sołtys sprawował niższe sądownictwo, czyli osądzanie wykroczeń do 4 solidów (Schiling) oraz pobieranie co trzeci denar (Pfennig) z wyższego sądownictwa z wyłączeniem przestępstw na publicznych gościńcach. W zamian za to on i jego następcy zobowiązani zostali do zwyczajowej służby wojskowej, wobec której sołtys miał obowiązek stawić się konno i w lekkim uzbrojeniu na każde wezwanie, w miejsce, które mu wskazano. Była to służba na tak zwany „sposób pruski”. Prokurator kętrzyński Wolfgang Sauer zezwolił nadto sołtysowi wsi na wolne rybołówstwo w okresie letnim małą siecią na jeziorach Śniardwy i Małe Szwejkowo, ale tylko na potrzeby „własnego stołu”.
Właściciele pozostałych 60 łanów musieli co roku na Św. Marcina (11 listopada) oddawać na zamek kętrzyński czynsz w wysokości 0,5 grzywny w zwykłej pruskiej monecie oraz 2 kury. Chłopi musieli odrabiać dodatkowo szarwark, oddawać daninę zwaną płużnym w wysokości jednego korca (około 55 litrów) pszenicy i tyleż żyta od pługa, czyli całego gospodarstwa. Mieszkańcom wsi zezwolono na wolne rybołówstwo na potrzeby stołowe przy użyciu małych sieci. Wieś otrzymała 10 lat wolnizny od czynszów i innych obowiązków.
W czasie wojny trzynastoletniej mieszkańcy Nowych Gut wsparli początkowo związkowców, jednak po krwawej przegranej bitwie pod Rynem (1456) poddali się pod opiekę Zakonu. Walki oraz pobyt wojsk zaciężnych spowodowały zniszczenia i zubożenie regionu.
Wieś rozwijała się, będąc jedną z największych w okolicy (znaczniejszy był tylko Orzysz). Od 1477 roku Nowe Guty przeniesiono do komturstwaryńskiego. Gdy po sekularyzacji Zakonu Krzyżackiego w Prusach zmienił się podział administracyjny, Nowe Guty zaczęły podlegać starostwu w Rynie. Stan taki utrzymał się do 1752 roku. Guty miały w 1539 r. tylko polską ludność.[6]
Na początku XX w. we wsi mieszkało 750 osób[potrzebny przypis]. Do 1945 roku Mazury zamieszkiwane były przez Polaków, Niemców, Mazurów oraz inne nacje, jednak dominowała ludność niemieckojęzyczna. Wielu uważało się po prostu za Mazurów, wpisując w rubryce „język ojczysty” – mazurski. W roku 1910 takich ludzi było w powiecie piskim ponad 60%. Nowe Guty (Seegutten) leżały w powiecie piskim (Johanissburg). Na mocy art. 96 traktatu wersalskiego mieszkańcy terytorium objętego plebiscytem dokonali wyboru między Polską a Prusami Wschodnimi. W obwodzie Nowe Guty 500 osób opowiedziało się za przynależnością do Prus Wschodnich[potrzebny przypis]. Szeroko zakrojona akcja propagandowa oraz przywiezienie specjalnie na głosowanie reemigrantów z Rzeszy przesądziło o ustaleniu nowych granic.[potrzebny przypis]
Po II wojnie światowej Mazury zostały przyznane Polsce (konferencja w Jałcie 1945), a nazwa została spolszczona. W Nowych Gutach wychował się poeta Zbigniew Chojnowski, który w wierszach zawarł nowoguckie krajobrazy i losy powojennych mieszkańców[7].
dawny cmentarz ewangelicki, założony w połowie XIX wieku[9].
Najstarszy zachowany nagrobek z datą 1884. Na cmentarzu znajduje się kwatera wojenna z okresu I wojny światowej. Według zachowanych inskrypcji, w zbiorowej mogile pochowani są: Utffz. Franz Naudßus z 8. Komp. Inf. Regt. 41 †7.9.1914, Wehrm. August Bernsee z 7. Komp. Inf. Regt. 41 †7.9.1914, a także dwóch nieznanych żołnierzy armii niemieckiej z Inf. Regt. 24 †1914/15 oraz jeden nieznany żołnierz armii niemieckiej z Inf. Regt. 48 †1914/15[10].
↑Rozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 12 listopada 1946 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości (M.P. z 1946 r. nr 142, poz. 262).
T.T.DarmochwałT.T., M.J.M.J.RumińskiM.J.M.J., Warmia Mazury, przewodnik, Białystok: TD, 1996. Brak numerów stron w książce
R.R.PawlickiR.R., Przewodnik po ścieżkach rowerowych, 2004. Brak numerów stron w książce
Mieczysław Orłowicz: Ilustrowany przewodnik po Mazurach Pruskich i Warmii. Na nowo podali do druku Grzegorz Jasiński, Andrzej Rzempołuch, Robert Traba. Olsztyn: Remix, 1991. ISBN 83-900155-0-1.