Podczas II wojny światowej gmina znalazła się w Generalnym Gubernatorstwie, w dystrykcie warszawskim. Okupant przekształcił gromadę Zagroby w gromadę Zegrze. W 1943 roku gmina Nieporęt liczyła 7377 mieszkańców i składała się z 14 gromad (Dorfgemeinden): Augustów (116 mieszkańców), Augustówek (68), Białobrzegi (195), Kąty Grodziskie (275), Kąty Węgierskie (725), Kobiałka (243), Komornica (57), Nieporęt (1547), Olesin (213), Poddębie (123), Stanisławów (884), Wieliszew (1351), Wojdy (203) i Zegrze (1377)[12].
Gminę Nieporęt reaktywowano 1 stycznia 1973 w związku kolejną reformą administracyjną kraju[21], lecz o innych granicach. W jej skład weszło 26 sołectw: Aleksandrów, Augustów, Augustówek, Beniaminów, Białobrzegi, Brzeziny, Grodzisk, Izabelin, Józefów I, Józefów II, Kąty Grodziskie, Kąty Węgierskie, Kobiałka, Lewandów, Mańki-Wojdy, Michałów-Grabina, Michałów-Reginów, Nieporęt, Olesin, Rembelszczyzna, Rynia, Stanisławów I, Stanisławów II, Szamocin, Wola Aleksandra i Zegrze Południowe[22]. Dziewięć z tych sołectw włączono tego samego dnia do powiatu nowodworskiego z powiatu wołomińskiego (Augustów, Augustówek, Brzeziny, Grodzisk, Kąty Grodziskie, Kobiałka, Lewandów, Mańki-Wojdy i Olesin)[23]. W sumie nowa gmina Nieporęt objęła obszary przedwojennych gmin: Nieporęt, Bródno, Jabłonna i Radzymin oraz powojenych gmin: Jabłonna, Marki, Nieporęt, Pustelnik i Skrzeszew.
1 sierpnia 1977 z gminy Nieporęt wyłączono sołectwa Augustów, Augustówek, Brzeziny, Grodzisk, Kąty Grodziskie, Kobiałka, Lewandów, Mańki-Wojdy, Olesin i Szamocin, włączając je do Warszawy[24].
1 stycznia 2014 do gminy Nieporęt włączono części obszaru obrębu ewidencyjnego Łąki o powierzchni 41,00 ha z gminy Radzymin w powiecie wołomińskim[26].
Struktura użytkowania gruntów
Po przyłączeniu Michałowa-Reginowa do sąsiedniej Gminy Wieliszew[27] w 2008 roku gmina Nieporęt zajmowała obszar o powierzchni 9567 ha (co stanowi 24,5% powierzchni powiatu), w tym:
↑Skorowidz Królestwa Polskiego czyli Spis alfabetyczny miast, wsi, folwarków, kolonii i wszystkich nomenklatur w guberniach Królestwa Polskiego, z wykazaniem: gubernii, powiatu, gminy, parafii, sądu pokoju lub gminnego, oraz najbliższej stacyi pocztowej, wraz z oddzielnym spisem gmin podług najświeższej ich liczby i nazwy ułożony, wykazujący: odległość każdej danej gminy od miasta powiatowego i sądu swojego gminnego; czy i jakie znajdują się w gminie zakłady fabryczne lub przemysłowe, szkoły itp. oraz ludność każdej gminy, obejmujący także podział sądownictwa krajowego świeżo urządzonego. T. 2