Gračan karierę rozpoczynał w 1979 roku w zespole HNK Rijeka. Przez 6 lat rozegrał tam 106 spotkań i zdobył 24 bramki. W 1985 roku odszedł do Hajduka Split. W 1987 roku zdobył z nim Puchar Jugosławii. Graczem Hajduka był przez 4 lata. W 1989 roku wyjechał do Hiszpanii, by grać w tamtejszym Realu Oviedo. W Primera División zadebiutował 22 października 1989 roku w zremisowanym 1:1 pojedynku z CD Logroñés. W Realu grał przez 4 lata. Następnie, w latach 1995–1996 ponownie występował w HNK Rijeka. W 1996 roku zakończył karierę.