W gabinecie prezydentaRafsandżaniego pełnił funkcję ministra kultury i szkolnictwa wyższego (1989–1993). W okresie prezydentury Mohammada Chatamiego również zajmował stanowisko ministra kultury i szkolnictwa wyższego (1997–2000) oraz ministra nauki, badań i technologii (2000–2003). Zrezygnował z urzędu w lipcu 1999 po manifestacjach studenckich, w proteście przeciwko napaści policji i członków ultrareligijnych bojówek na akademik Uniwersytetu Teherańskiego[1].
29 grudnia2004 Moin zdecydował się wystartować w wyborach prezydenckich w 2005 jako kandydat Frontu Islamskiego Iranu. W wyborach w czerwcu 2005 uzyskał 13,93% głosów poparcia, zajmując 4. miejsce.
Mustafa Moin jest jednym z czołowych irańskich naukowców w dziedzinie pediatrii, immunologii oraz alergologii. Obecnie jest dyrektorem centrum badawczego działającego przy szkole medycznej w Teheranie.