Temperatura wód powierzchniowych przez cały rok bardzo wysoka, wynosi od 26 °C w sierpniu do 29 °C w listopadzie. Morze Flores znajduje się w strefie oddziaływania monsunów. Obszary dna morskiego są terenem bardzo aktywnym sejsmicznie i wulkanicznie. Pływy przekraczają 1,5 m.