Według danych oficjalnych pochodzących z 2010 roku Japonia posiadała ponad 160 miast o ludności przekraczającej 150 tys. mieszkańców. Stolica kraju Tokio jako jedyne miasto liczyło ponad 5 milionów mieszkańców; 11 miast z ludnością 1–5 mln; 17 miast z ludnością 500–1000 tys. oraz reszta miast poniżej 500 tys. mieszkańców.

Największe miasta w Japonii według liczebności mieszkańców (stan na 01.10.2020):

Lp.	Miasto	Prefektura	Liczba ludności
1.	Tokio	Tokio	9 733 276
2.	Jokohama	Prefektura Kanagawa	3 777 491
3.	Osaka	Prefektura Osaka	2 752 412
4.	Nagoja	Prefektura Aichi	2 332 176
5.	Sapporo	Prefektura Hokkaido	1 973 395
6.	Fukuoka	Prefektura Fukuoka	1 612 392
7.	Kawasaki	Prefektura Kanagawa	1 538 262
8.	Kobe	Prefektura Hyōgo	1 525 152
9.	Kioto	Prefektura Kioto	1 463 723
10.	Saitama	Prefektura Saitama	1 324 025
11.	Hiroszima	Prefektura Hiroszima	1 200 754
12.	Sendai	Prefektura Miyagi	1 096 704

Lista miast Japonii w podziale na prefektury (w nawiasach stolice danych prefektur):

Miasto	Prefektura	Data założenia	Data rozwiązania	Uwagi
Moriyama	Aichi	1954-06-01	1963-02-15	włączone do miasta Nagoja
Bisai	Aichi	1955-01-01	2005-04-01	włączone do miasta Ichinomiya
Honjō	Akita	1954-03-31	2005-05-22	połączone z Chōkai, Higashiyuri, Iwaki, Nishime, Ōuchi, Yashima, Yuri → Yurihonjō
Ōmagari	Akita	1954-05-03	2005-03-22	połączone z Kamioka, Kyōwa, Nakasen, Nishisenboku, Ōta, Semboku, Nangai → Daisen
Yōkaichiba	Chiba	1954-07-01	2006-01-23	połączone z Nosaka → Sōsa
Sawara	Chiba	1951-03-15	2006-03-27	połączone z Kurimoyo, Omigawa, Yamada → Katori
Iyomishima	Ehime	1954-11-01	2004-04-01	połączone z Kawanoe, Doi, Shingū → Shikokuchūō
Kawanoe	Ehime	1954-11-01	2004-04-01	połączone z Iyomishima, Doi, Shingū → Shikokuchūō
Tōyo	Ehime	1972-10-01	2004-11-01	połączone z Saij, Komatsu, Tanbara → Saijō
Hōjō	Ehime	1958-11-01	2005-01-01	włączone do miasta Matsuyama
Takefu	Fukui	1948-04-01	2005-1001	połączone z Imadate → Echizen
Moji	Fukuoka	1899-04-01	1963-02-10	połączone z Kokura, Tobata, Yahata, Wakamatsu → Kitakyūshū
Kokura	Fukuoka	1900-04-01	1963-02-10	połączone z Moji, Tobata, Yahata, Wakamatsu → Kitakyūshū
Tobata	Fukuoka	1924-09-01	1963-02-10	połączone z Moji, Kokura, Yahata, Wakamatsu → Kitakyūshū
Yahata	Fukuoka	1917-03-01	1963-02-10	połączone z Moji, Kokura, Tobata, Wakamatsu → Kitakyūshū
Wakamatsu	Fukuoka	1914-04-01	1963-02-10	połączone z Moji, Kokura, Tobata, Yahata → Kitakyūshū
Amagi	Fukuoka	1954-04-01	2006-03-20	połączone z Asakura, Haki → Asakura
Yamada	Fukuoka	1954-04-01	2006-03-27	połączone z Inatsuki, Kaho, Usui → Kama
Maebaru	Fukuoka	1992-10-01	2010-01-01	połączone z Nijō, Shima → Itoshima
Taira	Fukushima	1937-06-01	1966-10-01	połączone z Iwaki oraz Jōban, Uchigō, Nakoso → Iwaki
Jōban	Fukushima	1954-03-31	1966-10-01	połączone z Iwaki oraz Taira, Uchigō, Nakoso → Iwaki
Uchigō	Fukushima	1954-10-01	1966-10-01	połączone z Iwaki oraz Taira, Jōban, Nakoso → Iwaki
Nakoso	Fukushima	1955-04-29	1966-10-01	połączone z Iwaki oraz Taira, Jōban, Uchigō → Iwaki
Haramachi	Fukushima	1954-03-20	2006-01-01	połączone z Kashima, Odaka → Minami-Sōma
Matsunaga	Hiroszima	1954-03-31	1966-05-01	włączone do miasta Fukuyama
Innoshima	Hiroszima	1953-05-01	2006-01-10	połączone z Setoda → Onomichi
Kameda	Hokkaido	1971-11-01	1973-12-01	włączone do miasta Hakodate
Katsuta	Ibaraki	1954-03-30	1994-11-01	połączone z Nakaminato → Hitachinaka
Nakaminato	Ibaraki	1954-03-31	1994-11-01	połączone z Katsuta → Hitachinaka
Iwai	Ibaraki	1972-04-01	2005-03-22	włączone do miasta Bandō
Shimodate	Ibaraki	1954-03-15	2005-03-28	włączone do miasta Chikusei
Mattō	Ishikawa	1970-10-10	2005-02-01	połączone z Mikawa, Tsurugi, Kawachi, Oguchi, Shiramine, Torigoe, Yoshinodani → Hakusan
Mizusawa	Iwate	1954-04-01	2006-02-20	połączone z Esashi → Ōshū
Esashi	Iwate	1958-11-03	2006-02-20	połączone z Mizusawa → Ōshū
Taniyama	Kagoshima	1957-10-01	1967-04-29	włączone do miasta Kagoshima
Sendai	Kagoshima	1940-02-11	2004-10-12	włączone do miasta Satsumasendai
Kushikino	Kagoshima	1950-10-01	2005-10-11	połączone z Ichiki → Ichikikushikino
Kaseda	Kagoshima	1954-07-15	2005-11-07	połączone z Bōnotsu, Kasasa, Ōura → Minamisatsuma
Kokubu	Kagoshima	1955-01-01	2005-11-07	połączone z Kirishima oraz Fukuyama, Hayato, Makizono, Mizobe, Yokogawa → Kirishima
Naze	Kagoshima	1946-07-01	2006-03-20	połączone z Kasari, Sumiyō → Amami
Ōkuchi	Kagoshima	1954-04-01	2008-11-01	połączone z Hishikari → Isa
Toyohara	Karafuto	1937-07-01	1949-06-01	miasto zwrócono Rosji
Nakamura	Kōchi	1954-03-31	2005-04-10	połączone z Nishitosa → Shimanto
Hatogaya	Saitama	1967-03-01	2011-10-11	włączone do miasta Kawaguchi
Ōmiya	Saitama	1940-11-03	2001-05-01	włączone do miasta Saitama
Imaichi	Tochigi	1954-03-31	2006-03-20	włączone do miasta Nikkō
Akigawa	Tokio	1972-05-05	1995-09-01	połączone z Itsukaichi → Akiruno
Tanashi	Tokio	1967-01-01	2001-01-21	połączone z Hōya → Nishitōkyō
Hōya	Tokio	1967-01-01	2001-01-21	połączone z Tanashi → Nishitōkyō
Tokuyama	Yamaguchi	1944-04-01	2003-04-21	połączone z Shinnan’yō, Kumage, Kano → Shūnan
Shinnan’yō	Yamaguchi	1944-04-01	2003-04-21	połączone z Tokuyama, Kumage, Kano → Shūnan

• World Gazetteer (ang.)