Miasto leży nad zatoką jeziora Michigan Green Bay, przy ujściu Menominee River, tworzącej granicę pomiędzy Michigan i Wisconsin. Na południe od miasta płynie rzeka oddzielająca od bliźniaczego miasta Wisconsin Marinette[4]. W Menominee znajduje się port i marina[5].
Klimat Menominee w klasyfikacji klimatów Köppena należy do klimatów kontynentalnych z ciepłym latem (Dfb)[6]. Średnia temperatura roczna wynosi 5,0 °C, a suma opadów 756,9 mm, w tym 142 cm śniegu[6].