Karierę piłkarską zaczynał w jednym z najsłynniejszych klubów w Afryce, kameruńskim klubie Canon Jaunde. Grał tam do grudnia 1995 roku. Zdobył z tym klubem dwa razy Puchar Kamerunu w 1993 roku i 1995 roku.
RC Lens
W 1995 roku przeszedł do klubu francuskiego RC Lens, gdzie szybko trafił do pierwszej jedenastki klubu i został gwiazdą ligi francuskiej. W sezonie 1995/96 w barwach RC Lens zadebiutował już w pierwszym meczu ligowym zremisowanym bezbramkowo z AJ Auxerre. W Pucharze UEFA Lens również szło dobrze. Foé doprowadził swój zespół do zwycięstw nad drużynami: luksemburskim FC Anevir Beggen 7:0 i 6:0 i Czernomorcem Odessa 0:0 i 4:0, który wcześniej wyeliminował Widzew Łódź. W trzeciej rundzie Foé został wraz z klubem wyeliminowany przez czeski klub Slavia Praga. Na koniec sezonu 1995/96 wraz z klubem zajął piąte miejsce w lidze i awansował do Pucharu UEFA, w którym już w pierwszej rundzie Lens i Foé odpadli po dwumeczu z S.S. Lazio 0:1 i 1:1. Natomiast w lidze z RC Lens zajął dopiero 13. miejsce. Następny sezon 1997/98 był wymarzonym sezonem dla Foé, gdyż sięgnął z zespołem po jedyny w historii klubu tytuł mistrza Francji wygrywając bój lepszym stosunkiem bramek z FC Metz oraz dotarł do finału Pucharu Francji jednak przegrywając na Stade de France z Paris Saint-Germain 1:2. Później okazało się, że doznał kontuzji (złamana noga), co udaremniło jego transfer do Manchester United oraz wyjazdu na Mundial do Francji. Gdy leczył kontuzję, Lens grało słabo w lidze, gdzie zajęło 6. miejsce, i w Lidze Mistrzów, gdy przegrał walkę o 1/8 finału. Po wyleczeniu kontuzji Foé opuścił klub.
Olympique Lyon
W 1999 roku trafił za 6 milionów euro[1] do angielskiego zespołu West Ham United. Zajął z tą drużyną wysokie dziewiąte miejsce. Dobra gra w tej drużynie zaowocowała w 2000 transferem do Olympique Lyon za 9 milionów euro[1]. Wraz z tą drużyną grał w Lidze Mistrzów, gdzie w 1 rundzie grupowej lepsza była tylko Valencia CF, zaś w drugiej Olympique Lyon przegrał z Bayernem Monachium i Arsenalem. Klub zdobył w 2001 roku Puchar Ligi pokonując w dogrywce 2:1 AS Monaco i tytuł wicemistrza Francji, przegrywając tytuł mistrzowski różnicą czterech punktów z FC Nantes. W sezonie 2001/02 w Lidze Mistrzów zespół nie spisywał się najlepiej, gdyż Lyon odpadł w pierwszej rundzie po porażkach z FC Barcelona i Bayerem 04 Leverkusen. A w Pucharze UEFA został wyeliminowany przez czeski Slovan Liberec. Foé zdobył tytuł mistrza Francji, okazując się lepszym o dwa punkty od swojego byłego klubu RC Lens. Gdy jednak przegrał miejsce w składzie Lyonu, opuścił klub na zasadzie wypożyczenia.
Manchester City
Po nieudanym dla Kamerunu Mundialu w Korei i Japonii w lecie 2002 roku Foé został wypożyczony do Manchesteru City. Od razu stał się jednym z wyróżniających się zawodników. Na koniec sezonu 2002/03 wraz z Manchesterem zajął dziewiąte miejsce i doprowadził klub do Pucharu UEFA.
26 czerwca 2003 w 72. minucie[2][3][4] meczu półfinałowego Pucharu Konfederacji FIFA reprezentacji Kamerunu z Kolumbią[5], Marc-Vivien Foé niespodziewanie zasłabł. Pomimo natychmiastowej pomocy trwającej 45 minut[4], lekarzom nie udało się go uratować i Foé zmarł wkrótce po przewiezieniu do szpitala[6]. Mecz ten był rozgrywany na Stade Gerland w Lyonie[3] – klubowym stadionie drużyny Olympique Lyon, w której Foé grał przez 3 sezony. Autopsja wykazała, że przyczyną śmierci piłkarza był atak serca, który był spowodowany niewykrytą wcześniej kardiomiopatią przerostową[7][8][9].
Mimo tragedii Kameruńczycy zdecydowanie wypowiadali się, aby reprezentacja ich kraju nie zrezygnowała z udziału w meczu finałowym przeciwko Francji, by w ten sposób uczcić pamięć Foé. Komisarz meczu finałowego, Michał Listkiewicz, potwierdził dwa dni przed meczem, iż finał zostanie rozegrany zgodnie z programem.
29 czerwca 2003 na stadionie Stade de France w podparyskim St. Denis odbył się finał Pucharu Konfederacji pomiędzy reprezentacją Kamerunu a reprezentacją Francji[3]. Wcześniej piłkarze, trenerzy oraz kibice uczcili pamięć Foé minutą ciszy. Mecz wygrali Francuzi 1:0 po złotym golu w 97 minucie Thierry'ego Henry'ego, który zadedykował go dla Foé[9]. Po meczu na dekorację wprowadzając swoich kolegów kapitanowie Rigobert Song (Kamerun) oraz Marcel Desailly (Francja) nieśli wielki portret Foé[9]. Piłkarze mieli na rękawach koszulki czarne opaski. Marcel Desailly trofeum Pucharu Konfederacji zadedykował właśnie Foé.
11 listopada 2003 został zorganizowany mecz, gdzie piłkarska reprezentacja Kamerunu zmierzyła się z zespołem gwiazd rozegranym w Lyonie dla uczczenia pamięci zmarłego na tym boisku Foé. Kamerun wygrał 3:1, ale wynik miał dla kolegów zmarłego znaczenie drugorzędne. Wśród kameruńskich graczy i 23 962 widzów dominowało uczucie spełnienia obowiązku uczczenia pamięci Foé. W zespole gwiazd, nazwanym "Teamem Przyjaźni", zagrali tacy piłkarze, jak Thierry Henry, Robert Pirès, Sylvain Wiltord i Nicolas Anelka; gola strzelił Brazylijczyk Sonny Anderson – kolega Foé z Olympique Lyon. Dochód z tego spotkania przeznaczony został na fundusz charytatywny, którym kieruje wdowa po Foé, Marie-Louise.