Malatesta da Verucchio (zm. 1312) był głównodowodzącym armii Gwelfów i w nagrodę za odniesione wówczas zwycięstwa został mianowany podestą (najwyższym urzędnikiem miejskiego magistratu) Rimini w 1239 i po wygnaniu wrogiej Malatestom gibelińskiej rodziny Parcitadich w 1295 roku przejął przy pomocy synów władzę w mieście.
W następnym pokoleniu rozegrała się tragedia rodzinna - najstarszy syn Malatesty da Verucchia poślubił Francescę da Polenta włoską szlachciankę, której ojciec obawiając się, iż nie zechce ona wyjść za brzydkiego Jana więc przed ołtarzem stanął w jego imieniu przystojny Paolo. Francesca, przekonana, że to jest jej przyszły mąż, zakochała się w nim, co doprowadziło do romansu pomiędzy obojgiem. W 1285 Jan dowiedział się o cudzołóstwie żony i nakazał zamordować Francescę i Paola. Sprawę tę nagłośnił Dante Alighieri w swoim Piekle wchodzącym w skład Boskiej komedii.
W czternastym i piętnastym wieku Malatestowie panowali w licznych miastach rozsianych po Romanii i Marche.
Kilku członków rodziny wybrało karierę kondotierów w służbie różnych włoskich państewek. Najbardziej znanym z nich wszystkich Sigismondo Pandolfo Malatesta, który wdał się w konflikt z papiestwem dotyczący sporów terytorialnych. Jego wnuk Pandolf IV Malatesta uciekł z Rimini w 1500 na wieść o zbliżających się wojskach Cezara Borgii, a samo miasto ostatecznie zostało włączone do Państwa Kościelnego w 1528 po ostatniej nieudanej próbie odzyskania Rimini przez syna Pandolfa IV Zygmunta.
