Lipniki były polską kolonią założoną pod koniec pierwszej połowy XIX wieku na terenie dóbr należących do Mikołaja Rybczyńskiego. Pierwsi osadnicy pochodzili prawdopodobnie z rejonu Sarn i Żytomierza.
W nocy z 26 na 27 marca 1943 r., kolonia została napadnięta przez oddział UPA pod dowództwem Iwana Łytwynczuka wraz z okolicznymi ukraińskimi mieszkańcami. Ofiarą zbrodni padło 179–182 osób, oprócz Polaków także 4 Żydów i 1 Rosjanka.
Z Lipnikami związany był również Tadeusz Bogiński (1931-2017), urodzony w sąsiedniej wsi Młodzianówka, autor publikacji Lipniki Wołynia Poleskiego spalone, będącej zbiorem relacji naocznych świadków napadu UPA[2].
