Faza pucharowa rozgrywek Ligi Konferencji Europy UEFA 2023/2024 rozpoczęła się 15 lutego 2024 i została zakończona meczem finałowym, który odbył się na OPAP Arena w Atenach 29 maja 2024.
Do dalszych etapów turnieju przechodzili zwycięzcy poszczególnych dwumeczów.
Losowanie par play-offów odbyło się 18 grudnia 2023 roku. Zespoły, które zajęły 2 miejsca w swoich grupach w Lidze Konferencji Europy zostały rozlosowane przeciwko zespołom, które zajęły 3 miejsca w swoich grupach w Lidze Europy. Zwycięzcy grup z Ligi Konferencji Europy nie uczestniczą w play-offach i mają automatyczny awans do 1/8 finału. Drużyny z tych samych federacji oraz grup nie mogły zostać zestawione w jednej parze (dotyczy jedynie play-offów i 1/8 finału).
W tej rundzie zwycięzcy grup Ligi Konferencji Europy zostali rozlosowani przeciwko zwycięzcom dwumeczów play-offów. Losowanie par tej rundy odbyło się 23 lutego 2024 roku. Pierwsze mecze zostały rozegrane 7 marca, a rewanże 14 marca 2024 roku.
Od tej rundy drużyny rywalizujące ze sobą w parach losowane były niezależnie od kraju, z którego pochodzą, a także grupy, w której występowały. Losowanie par tej rundy odbyło się 15 marca 2024 roku. Mecze tej rundy zostały rozegrane 11 kwietnia, a rewanże 18 kwietnia 2024 roku.