Kościół zbudowany jest na planie ośmiokąta i stylem nawiązuje do bizantyńskich kościołów Rawenny np. kościoła św. Witalisa. Projektował go Andrzej Mikulski. Ma dwa poziomy: kościół relikwii (kościół dolny) oraz kościół górny. Obok kościoła zbudowano wieżę widokową.
Kościół relikwii
Ośmioboczna sala z ołtarzem w centrum. Wewnątrz marmurowego ołtarza umieszczono relikwię, zamkniętą w szklanej szkatule ampułkę z krwią papieża, pobraną podczas jednego z badań w klinice Gemelli. Obok znajduje się papieski krzyż pastoralny Jana Pawła II. Sala otoczona jest wieńcem kaplic służących modlitwie i oratoriów poświęconych sanktuariom maryjnym.
Wnętrze ma także kształt ośmiokąta. Prezbiterium i ściany są zdobione mozaikami, które projektował o. Marko Ivan Rupnik SJ. Do kościoła prowadzi troje odlanych z brązu drzwi przedstawiających sceny z życia Jana Pawła II. W bocznej części kościoła została umieszczona relikwia – sutanna, którą miał Jan Paweł II w trakcie zamachu w dniu 13 maja 1981 roku.