Kościół erygowany przypuszczalnie po 1325[a], a prawdopodobnie przed kazimierzowską lokacją miasta. Król Kazimierz Wielki lokował Nowy Radom najpierw na prawie średzkim około 1340–1360, potem w 1364 r. na prawie magdeburskim. Wraz z miastem uposażył nową parafię pw. św. Jana. Pierwsza wzmianka o istnieniu parafii pochodzi z 1408 r. (przed 27 lipca 1408). Około 1360–1370 r. został wzniesiony z czerwonej cegły pierwotny, jednonawowy kościół, fundacji Kazimierza Wielkiego. W wiekach XV i XVI dobudowano kaplice boczne. Pierwszą z nich była kaplica Świętego Krzyża. Drugą, która zachowała się do czasów współczesnych była kaplica obecnie zwana różańcową, ufundowana w 1481 r. przez mieszczanina radomskiego Jana Warcaba. Trzecią była kaplica Kosnowska (św. Anny) wzniesiona w 1495 przez małżonków Wojciecha i Annę Kościeni. Czwartą była kaplica Baryczkowska wzniesiona w 1500 przez Stefana Baryczkę obywatela Radomia.
Święty Kazimierz Jagiellończyk, rezydując w Radomiu z polecenia ojca w latach 1481–1483, traktował świątynię pw. św. Jana jako zamkową i częste miejsce swej modlitwy. W 1495 r. inny syn króla Kazimierza IV Jagiellończyka, Fryderyk, w kościele tym uroczyście otrzymał bullę nominującą go do godności kardynalskiej z przynależnymi jej oznakami.
W 1588 biskup Jerzy Radziwiłł zakazał grzebania zmarłych w kościele pod ołtarzami. W XVI wieku przy kościele istniała biblioteka o 170 łacińskich woluminach.
W latach 1630–1633 wzniesiono z fundacji Jana Kochanowskiego chorążego wielkiego koronnego późnorenesansową kaplicę. Początkowo zwano ją kaplicą Kochanowskich, później św. Magdaleny, a jeszcze później Pana Jezusa. W XVII wieku przekształcono kaplice Koskowską i Baryczkowską w krużganki przy kaplicy Kochanowskich. Kaplica Krzyża Świętego została przekształcona w składzik sprzętów kościelnych.
W 1752 zawaliło się częściowo sklepienie kościoła.
W początkach XIX wieku kościół był poważnie uszkodzony. Jego restaurację podjęto w latach 1817–1838[b]: podwyższono ściany nawy, która została nakryta stropem drewnianym, założono nowy dach na sygnaturkę, podwyższono wieżę i otynkowano elewację. W wyniku tych zmian fasada zachodnia otrzymała wystrój neogotycki. W latach 1837–1840 odnowiono malowidła na sklepieniu w prezbiterium. Po tych zmianach kościół został rekonsekrowany w 1844[c].
W latach 1881–1889 odrestaurowano i podwyższono o piątą kondygnację wieżę kościoła. W 1888 restaurowano kaplicę Kochanowskich i odnowiono ogrodzenie od ulicy Rwańskiej, będące darem cara Aleksandra I. W latach 1908–1909, staraniem ks. inf. Piotra Górskiego, została fara gruntownie przebudowana według projektu architekta Józefa Dziekońskiego. Kościół w wyniku tych wielokrotnych zmian jest neogotycki, orientowany, jednonawowy z dobudowaną nawą boczną. Z dawnego kościoła obecnie zachowane są prezbiterium, północna ściana nawy z kaplicą różańcową i wieżą oraz kaplica Kochanowskich. Kościół ponownie był restaurowany w latach sześćdziesiątych XX w., polichromia została wykonana w 1972 r., a restauracji zewnętrznej dokonano w roku 1973. Polichromię z 1972 zaprojektował i wykonał prof. Wacław Taranczewski z Poznania z zespołem. Prace te prowadzone były staraniem ks. inf. Stanisława Sikorskiego. Polichromia swoim stylem nawiązuje do gotyckiego wnętrza.
W kościele pw. św. Jana została ochrzczona 22 maja 1822 r. Sługa Boża Wanda Malczewska, a w 1854 r. malarz Jacek Malczewski. W kościele znajduje się między innymi tablica upamiętniająca pobyt kard. Karola Wojtyły dnia 21 sierpnia 1977 r. W budynku parafialnym obok kościoła i obok plebanii – dawnego zamku – w nocy 24 stycznia 1941 r. został aresztowany bł. ks. Kazimierz Grelewski, który następnie został zesłany do Dachau, gdzie powieszono go 9 stycznia 1942 r.
We wnętrzu kościoła zachowane były tablice epitafijne z XIX wieku. Z pewnością istniały też starsze, lecz uległy zniszczeniu w związku ze zniszczeniami i renowacjami kościoła. Przy kościele znajdował się cmentarz, który zamknięto do celów grzebalnych w 1797. W XIX w. wytyczono w jego miejscu plac. Obecnie znajdują się na nim figura św. Jana Nepomucena (XVIII w.), kamienna kolumna z rzeźbą Chrystusa (XIX w.), kamienny krzyż upamiętniający istniejący tu w przeszłości cmentarz (XIX w.) oraz pochodzące z niego płyty nagrobne (XIX w.)[2].
Uwagi
↑Luboński podaje także inne domniemane daty powstania kościoła, 1178, 1180 i 1187, ale uważa je za błędne i wskazuje okres panowania Kazimierza Wielkiego jako najbardziej prawdopodobny czas powstania kościoła.
↑Luboński podaje jako datę rozpoczęcia prac 1837. Wieżę miano remontować od 1838, podwyższając ją przy tym o 12 łokci. Wstawiono nowy główny ołtarz, zaś stary przeniesiono do kaplicy Pana Jezusa. Około 1839 miano odmalować wnętrze kościoła, zmienić ławy, odnowić kaplicę różańcową. Zakupiono też obraz Matki Boskiej Różańcowej pędzla Hipolita Pinko
