Konie azteckie powstały na bazie ras: andaluzyjskiej, Quarter Horse
i Criollo. Rasę wyhodowano w 1972 r. jako konia dla Charros, tradycyjnych meksykańskich jeźdźców. Don Antonio Ariza, wraz z innymi hodowcami, odegrał kluczową rolę w utworzeniu rasy i oficjalnym uznaniu jej przez meksykańskie Ministerstwo Rolnictwa w dniu 4 listopada 1982 r. Antonio Ariza używał importowanych koni andaluzyjskich i krzyżował je z Quarter Horse i Criollo, a następnie zaczął hodować uzyskane w ten sposób mieszańce na swoim ranczo San Antonio w pobliżu Texcoco w Meksyku.
Początkowo pokrój rasy nie był jednolity, hodowcy dostrzegli potrzebę ujednolicenia pogłowia przez standaryzację programu hodowlanego.
Centrum Badań nad Rasą Aztecką powstało nad jeziorem Texcoco i we współpracy z hodowcami opracowano dzisiejszy fenotyp rasy. Oficjalnie, pierwszym koniem azteckim był urodzony w tym centrum ogierCasarejo (czyt. Kasareho), który był krzyżówką andaluzyjskiego ogiera imieniem Ocultado i klaczy Quarter Horse nazywającej się Americana.
Meksykański Związek Hodowców Koni Azteckich (hisz. Associación Mexicana de Criadores de Caballos de Raza Azteca), prowadzi rejestr do księgi stadnej, w której począwszy od 2005 r. zarejestrowano od 10 do 15 tys. koni, a corocznie wpisywanych jest kolejny tysiąc.
Przepisy regulujące wpisy tych koni do ksiąg stadnych przewidują od 3/8 do 5/8 udziału krwi koni ras Quarter Horse lub andaluzyjskiej i maksymalnie 1/4 krwi koni Criollo[2].