W ramach igrzysk przeprowadzono 528 konkurencje w 22 dyscyplinach sportowych[1], w tym w kajakarstwie i triathlonie, które po raz pierwszy zostały włączone do kalendarza igrzysk paraolimpijskich[2]. We wszystkich zawodach wzięło udział 4328 sportowców (2657 mężczyzn i 1671 kobiet) z 159 krajów[1] oraz z dwuosobowego komitetu niezależnych paraolimpijczyków[3].
Medale zdobyli reprezentanci 83 państw, a przynajmniej jeden złoty medal wywalczyli sportowcy z 63 państw[4].
Pierwsze medale igrzysk paraolimpijskich dla swoich krajów zdobyli: Zwiad Gogoczuri dla Gruzji w kategorii 90 kg w judo mężczyzn[5], Abdulqadir Abdulrahman dla Kataru w pchnięciu kulą klasy F34 mężczyzn[6], Edmilsa Governo dla Mozambiku w lekkoatletycznym biegu klasy T20 na 400 m kobiet[7], Gracelino Tavares Barbosa dla Republiki Zielonego Przylądka w lekkoatletycznym biegu klasy T20 na 400 m mężczyzn[8], David Emong dla Ugandy w kolarstwie klasy T46 (tricykl) mężczyzn[9] i Lê Văn Công dla Wietnamu w kategorii 49 kg w podnoszeniu ciężarów mężczyzn[10]. Dla Republiki Zielonego Przylądka był to jednocześnie pierwszy medal, wliczając występy w igrzyskach olimpijskich[8]. Zwiad Gogoczuri i Lê Văn Công zostali jednocześnie pierwszymi mistrzami paraolimpijskimi ze swoich krajów[5][10].
Poniższa tabela przedstawia klasyfikację medalową państw, które zdobyły medale na Letnich Igrzyskach Paraolimpijskich 2016 w Rio de Janeiro, sporządzoną na podstawie tabeli medalowej Międzynarodowego Komitetu Paraolimpijskiego. Klasyfikacja posortowana jest najpierw według liczby osiągniętych medali złotych, następnie srebrnych, a na końcu brązowych. W przypadku, gdy dwa kraje zdobyły tę samą liczbę medali wszystkich kolorów, o kolejności zdecydował porządek alfabetyczny.