Katedra została wzniesiona w latach 1629–1637 na miejscu średniowiecznego kościoła i klasztoru dominikanów, według projektu włoskiego architekta Antonio Canevala (?). Pracami budowlanymi kierował inny Włoch, Pietro Spazzo. Budowa katedry została sfinansowana przez palatyna Mikołaja Esterházyego i arcybiskupa Petera Pázmánya, który w 1635 roku ufundował w Trnawieuniwersytet. Nowo wybudowany kościół stał się nieodłączną częścią uczelni, kierowanej przez jezuitów. Dlatego jeszcze dziś często nazywany jest jezuickim lub uniwersyteckim i to mimo tego, że został podniesiony do godności katedry i jest najważniejszą świątynią archidiecezji trnawskiej.
Prace przy wystroju wnętrza trwały do 1700 r. i brali w nich udział twórcy wiedeńscy, włoscy i miejscowi. Wykonana została wtedy bogata dekoracja stiukowasklepienia, którą stworzyli włoscy twórcy Giovanni Battista Rosso i Giacomo Tornini, a także malowidła na sklepieniu ze scenami z życia św. Jana Chrzciciela, które zostały wykonane przez Włocha Pietro Antonio Contiego i wiedeńskiego malarza E. J. Grubera. Ozdobą świątyni jest jednak monumentalny ołtarz główny, wykonany z drewna w latach 1637–1640, w budowie którego oprócz rzeźbiarzy wiedeńskich Baltazara Knillinga i W. Knotha uczestniczyli również Veit Stadler z Trnawy oraz mistrz Ferdynand z Cífera. Ołtarz ma wysokość 20,3 m i szerokość 14,8 m. Jest jednym z największych drewnianych ołtarzy w Europie. W ołtarzu umieszczony jest obraz ukazujący Chrzest Pański.
Od 1977 r. świątynia uniwersytecka jest katedrą metropolity archidiecezji bratysławsko-trnawskiej (od 2008 r. archidiecezji trnawskiej).
W krypcie katedry został 18 października 2006 r. pochowany jezuita, biskup Pavol Hnilica (1921-2006), współpracownik papieży Pawła VI i Jana Pawła II, watykański ekspert ds. komunizmu[2][3]. 16 kwietnia 2008 r. został tu pochowany kolejny "tajny" biskup z okresu prześladowania Kościoła w Czechosłowacji, jezuita Peter Dubovský (1921-2008)[2][4].
.jpg)
