Syn złotnika, w wieku 12 lat rozpoczął praktykę u jubilera[1]. Rysunku uczył się u Friedricha von Amerlinga (1803–1887)[1][2]. Od 1837 roku pracował jako artysta-malarz[1].
W 1848 roku został komendantem freikorpsu studenckiego Legionu Akademickiego, który brał udział w walkach w powstaniu wiedeńskim[1]. Aresztowany i skazany za zdradę stanu przez trybunał wojenny na karę śmierci, ułaskawiony przez księcia Windisch-Graetza[1].
Specjalizował się w malarstwie portretowym, zajmował się również teorią sztuki, pisząc artykuły do czasopism wiedeńskich[1]. Jego najsłynniejsze portrety pochodzą z lat 50. XIX wieku, m.in.: cesarza Franciszka Józefa I i cesarzowej Elżbiety, Franza Grillparzera, Friedricha Halma, Nikolausa Lenau[3]. Na zlecenie cesarza Meksyku Maksymiliana I sporządził kopie prac z pałacu Belweder z przeznaczeniem dla galerii narodowej w Meksyku[4]. Pracował również jako ilustrator[4].
Zginął śmiercią samobójczą 19 lutego 1886 roku[1].
Upamiętnienie
Porter hrabiny Esterhazy, 1860
W 1921 roku imieniem Aignera nazwano jedną z ulic Wiednia – Aignerstrasse[3].
