Jego rodzina nazywała się Cheese, czyli ser. Ojciec w obawie przed drwinami w wojsku zmienił nazwisko na Cleese w 1915 r., zanim się zaciągnął. Stworzył słowo, które nic nie znaczy w języku angielskim.
Pythoni
Studiował prawo w Cambridge, gdzie poznał swego przyszłego partnera pisarskiego Grahama Chapmana. Ukończył uczelnię w 1963. Efekt działania tej spółki (obok animacji Gilliama) był najbardziej surrealistyczną częścią działalności Pythonów.
Ich skecze dotyczyły zwykle szarych ludzi w codziennych sytuacjach, jednak robiących rzeczy dziwaczne. Na przykład Cleese i Chapman zmienili zwyczajny widok zdążającego do biura urzędnika w czarnym garniturze i meloniku w scenę, gdy Cleese z kamienną twarzą wije się, potyka i podskakuje w drodze do pracy w „Ministerstwie Głupich Kroków”. Ujawnia to talent Cleese’a do humoru bazującego na cechach fizycznych aktora, stosowanego też w autorskim cyklu komediowym Cleese’a Fawlty Towers (Hotel Zacisze).
Często gra postacie, które pozostają śmiertelnie poważne, mimo że wykonują czynności niedorzeczne. Uwidacznia to m.in. jego rola Sir Lancelota w „Świętym Graalu”, gdzie podąża na zamek, by wybawić damę z opresji, nie zdając sobie sprawy z tego, że w efekcie masakruje gości weselnych. Innym często stosowanym przez spółkę autorską Cleese-Chapman chwytem jest osadzanie skeczu wokół sporu na zupełnie oczywisty temat, tak jak w skeczu ze zdechłą papugą, w sklepie z serem czy w klinice kłótni. We wszystkich tych rolach Cleese pojawiał się wraz z Michaelem Palinem, którego często określał jako swego „ulubionego Pythona”.
Działalność pozafilmowa
W 1979 wyreżyserował oraz występował w programie The Secret Policeman's Ball, który miał na celu zdobycie funduszy dla Amnesty International. Dzięki temu programowi oraz jego następnym edycjom w działalność charytatywną zaangażowało się wiele osób, w tym muzycy: Sting, Bono, Peter Gabriel, Bob Geldof, Midge Ure.
Z terapeutą Robinem Skynnerem Cleese napisał dwie książki o życiu rodzinnym: Żyć w rodzinie i przetrwać (Families and how to survive them) oraz Żyć w tym świecie i przetrwać (Life and how to survive it). Napisał także wstępy do serii książek o życiu z chorobami cywilizacyjnymi (cukrzyca, nadciśnienie tętnicze, astma oskrzelowa).
W 2008 John Cleese zagrał w serii telewizyjnych spotów reklamowych banku BZ WBK. W jednym z nich stwierdzał, że lubi pierogi i ma ciotkę w Pcimiu. Pierwszy spot wyemitowano w połowie lutego.
W 2012 John Cleese zagrał w serii telewizyjnych spotów reklamowych czeskiego banku UniCredit. W jednym z nich stwierdzał, że lubi knedliki i ma ciotkę w Czeskim Cieszynie. Pierwszy spot wyemitowano w połowie lutego.
Obecnie ma tytuł Provost's Visiting Professor na Cornell University, gdzie prowadzi niekiedy zajęcia.
Życie prywatne
Jego pierwszą żoną była Connie Booth (od 15 lutego 1968 do 1978). Z tego związku mają jedno dziecko, Cynthię Cleese (ur. 1971).
Cleese ponownie się ożenił w 1981 z amerykańską aktorką Barbarą Trentham. Ich córka Camilla urodziła się w 1984 r. To małżeństwo również się rozpadło, w 1990 r.
W 1992 Cleese ożenił się po raz trzeci, z amerykańską psychoterapeutką Alyce Faye Eichelberger. Tym razem rozwód nastąpił w 2008 r. W 2012 r. ożenił się po raz czwarty – z aktorką Jennifer Wade.