Jani Soininen zadebiutował w zawodach Pucharu Świata 29 lutego 1992 w fińskimLahti, gdzie zajął 42. miejsce. W sezonie 1991/1992 wystartował jeszcze tylko raz, 1 marca w tej samej miejscowości zajął 22. miejsce. Jako że w tych startach nie wywalczył punktów Pucharu Świata (do sezonu 1992/1993 obowiązywała inna punktacja za miejsca w konkursach Pucharu Świata) to nie został uwzględniony w klasyfikacji generalnej.
W swoim pierwszym starcie sezonu 1992/1993, 5 grudnia 1992 roku w szwedzkimFalun zdobył swoje pierwsze punkty, plasując się na 10. pozycji. W pozostałej części sezonu punktował już jednak tylko raz – 6 marca 1993 roku w Lahti zajął 11. miejsce. Ostatecznie zajął więc 39. miejsce w klasyfikacji generalnej z dorobkiem 11 punktów. Pod koniec lutego 1993 roku Soininen wystartował na mistrzostwach świata w Falun. Wziął udział tylko w konkursie indywidualnym na normalnym obiekcie, gdzie zajął 50. miejsce.
Lepiej prezentował się w sezonie 1993/1994, kiedy to zajął 14. miejsce w klasyfikacji generalnej. W większości startów zdobywał punkty, często także plasował się w czołowej dziesiątce, jednak na podium nie stanął. Jego najlepszym wynikiem w konkursach PŚ tego sezonu było piąte miejsce w konkursie w szwajcarskimEngelbergu 19 grudnia 1993 roku. Najważniejszym wydarzeniem 1994 roku były igrzyska olimpijskie w Lillehammer, gdzie Jani indywidualnie zajął szóste miejsce na normalnej skoczni oraz piąte na dużej. Wystąpił także w konkursie drużynowym, w którym razem z kolegami z reprezentacji zajął piąte miejsce. Niecały miesiąc po igrzyskach Fin był dziewiąty na mistrzostwach świata w lotach w Planicy.
Swoje pierwsze pucharowe zwycięstwo odniósł 13 stycznia 1996 roku w Engelbergu, bezpośrednio wyprzedzając JapończykaJin’yę Nishikatę i Goldbergera. W sezonie 1995/1996 na podium stanął jeszcze raz 3 marca 1996 roku w Lahti, gdzie zajął trzecie miejsce, za Masahiko Haradą z Japonii oraz SłoweńcemPrimožem Peterką. W klasyfikacji końcowej 44. Turnieju Czterech Skoczni zajął dziewiątą pozycję po tym, jak był ósmy w Oberstdorfie, dziewiętnasty w Garmisch-Partenkirchen, siódmy w Innsbrucku oraz szesnasty w Bischofshofen. Występy te dały mu 11. miejsce w klasyfikacji generalnej. W lutym 1996 roku wziął udział w mistrzostwach świata w lotach w Tauplitz zajmując 17. miejsce.
W lecie 1996 roku zajął czwarte miejsce w klasyfikacji generalnej trzeciej edycjiLetniego Grand Prix w skokach. Rywalizację w sezonie 1996/1997 zaczął od zajęcia piątego miejsca w norweskimLillehammer 30 listopada 1996 roku. W 45. edycji Turnieju Czterech Skoczni ponownie był dziewiąty, zajmując w poszczególnych konkursach kolejno dziewiąte, szóste, piętnaste i znowu szóste miejsce. Po początkowych trudnościach lepsze wyniki uzyskiwał w drugiej części sezonu, kiedy to między innymi trzykrotnie zajmował trzecie miejsce. W jednym z tych konkursów, 22 marca 1997 roku w słoweńskiej Planicy ustanowił swój rekord życiowy skacząc 203,5 m. Miesiąc wcześniej, podczas mistrzostw świata w Trondheim Finowie w tym samym składzie, w którym startowali na MŚ w Thunder Bay obronili tytuł drużynowych mistrzów świata. Indywidualnie Jani zajął siódme miejsce na dużej skoczni, a na normalnej był jedenasty. W klasyfikacji generalnej tego sezonu zajął dziewiąte miejsce.
Najlepsze wyniki osiągnął jednak w sezonie 1997/1998, kiedy pięciokrotnie stawał na podium zawodów Pucharu Świata. Już w pierwszym konkursie cyklu, 29 listopada 1997 roku zajął drugie miejsce, wyprzedził go tylko Niemiec Dieter Thoma. Następnego dnia Soininen okazał się już najlepszy, wygrał także kolejny konkurs – 6 grudnia 1997 roku we włoskimPredazzo. Po tym jak zajął 19. miejsce w Oberstdorfie, piąte w Ga-Pa, szóste w Innsbrucku oraz siódme w Bischofshofen uplasował się na piątym miejscu klasyfikacji końcowej 46. Turnieju Czterech Skoczni. Dało mu to ponownie siódme miejsce w Pucharze Świata. Pod koniec stycznia 1998 roku zajął 12. miejsce na mistrzostwach świata w lotach w Oberstdorfie. Najważniejszą imprezą sezonu były jednak igrzyska olimpijskie w Nagano, które okazały się być najlepszym momentem jego kariery. Po pierwszej serii konkursu indywidualnego na normalnej skoczni Jani zajmował drugie miejsce za Haradą, do którego tracił 2,5 punktu. Dobry skok w drugiej serii i słaby skok Japończyka spowodowały, że to Soininen został mistrzem olimpijskim. Drugie miejsce zajął kolejny reprezentant gospodarzy, Kazuyoshi Funaki, a brązowy medal wywalczył Andreas Widhölzl z Austrii. Przewaga Soininena nad Funakim wyniosła zaledwie 1 punkt. W konkursie indywidualnym na dużym obiekcie Fin po pierwszej serii zajmował trzecie miejsce po skoku na 129,5 m. Prowadził Widhölzl, drugi był Takanobu Okabe, a Funaki zajmował czwartą lokatę tracąc do Soininena tylko 0,8 punktu. Druga seria skoków wszystko zmieniła. Jani uzyskał 126,5 m i został wyprzedzony przez Funakiego, który osiągnął 132,5 m. Najdłuższy skok – 136,0 m oddał Harada i awansował na trzecie miejsce, spychając Widhölzla, który uzyskał tylko 120,5 m poza podium. Tym samym Soininen wywalczył swój drugi, tym razem srebrny medal olimpijski. Jego medale były jedynymi zdobytymi przez Finlandię w skokach na tych igrzyskach, bowiem w konkursie drużynowym reprezentacja Finlandii zajęła piąte miejsce.
Sezon 1998/1999 był jednym z najsłabszych w jego karierze. Ani razu nie stanął na podium, tylko raz znalazł się w czołowej dziesiątce zawodów, w wyniku czego zajął dopiero 35. miejsce w klasyfikacji generalnej. Na mistrzostwach świata w Ramsau w lutym 1999 roku indywidualnie zajął miejsca na przełomie trzeciej i czwartej dziesiątki. W konkursie drużynowym Finowie ponownie nie zdobyli medalu zajmując ostatecznie czwarte miejsce. Soininen poprawił się w sezonie 1999/2000, kiedy ponownie był siódmy w klasyfikacji generalnej. Trzykrotnie stawał na podium, przy czym 26 stycznia 2000 roku w japońskiej Hakubie zwyciężył, wyprzedzając Widhölzla i swego rodaka Ville Kantee. Na mistrzostwach świata w lotach w Vikersund w lutym 2000 roku zajął 15. miejsce.
Dobre starty w sezonie 2000/2001, szczególnie w drugiej jego części, pozwoliły mu wystąpić na mistrzostwach świata w Lahti. Pojawił się tam tylko na dużej skoczni, indywidualnie był dziesiąty, a w konkursie drużynowym wraz z Risto Jussilainenem, Ville Kantee i Janne Ahonenem wywalczył srebrny medal. Był to ostatni sukces w jego karierze. Ostatni raz na podium zawodów Pucharu Świata stanął na miesiąc przed mistrzostwami – 28 stycznia 2001 roku w Sapporo, plasując się za Adamem Małyszem i Risto Jussilainenem. Ostatni oficjalny występ zaliczył 18 marca 2001 roku podczas lotów w Planicy, gdzie zajął 34. miejsce. Wraz z końcem sezonu definitywnie zakończył zawodniczą karierę. Łącznie w ciągu swej kariery 18 razy stawał na podium, w tym cztery razy zwyciężył, sześć razy był drugi oraz osiem razy trzeci.