W 1533 roku przeniósł się do niemieckiego miasta Münster w Westfalii, gdzie stał się wpływowym prorokiem i jednym z liderów miejscowych anabaptystów którzy przejęli kontrolę na miastem. Jan zdołał przekształcić Münster w teokratyczno-egalitarną komunę i wprowadził m.in. wspólnotę własności i produkcji oraz wielożeństwo (sam miał mieć 16 żon[3]), a w 1534 roku ogłosił się „królem Syjonu”[2].
W czerwcu 1535 roku, na skutek zdrady w szeregach anabaptystów, miasto zostało zdobyte przez katolickie wojska biskupa MünsteruFranza z Waldeck, sam Jan z Lejdy został wzięty do niewoli i po torturach został stracony razem z innymi przywódcami anabaptystów[2][3].
