Po aksamitnej rewolucji w Czechach wstąpił do służb dyplomatycznych i rozpoczął pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. W latach 1990–1992 był urzędnikiem w Departamencie Organizacji Międzynarodowych MSZ. Od 1993 do 1995 zajmował stanowisko dyrektora Departamentu ds. ONZ w tym resorcie. W 1995 wstąpił do Czeskiej Partii Socjaldemokratycznej. Od tegoż roku do 2000 był wiceszefem Stałem Misji Republiki Czeskiej przy ONZ i OBWE w Wiedniu. Od 2000 do 2001 pełnił funkcję wicedyrektora Departamentu ds. Unii Europejskiej i Europy Zachodniej w MSZ. Od 19 maja 2004 do 2 stycznia 2008 zajmował stanowisko stałego przedstawiciela Republiki Czeskiej przy UE. W 2005 po upadku rządu Stanislava Grossa był wymieniany jako kandydat socjaldemokratów na urząd premiera, ostatecznie jednak nominację na tę funkcję uzyskał Jiří Paroubek[2].
8 maja 2009 Jan Kohout objął funkcję wicepremiera i ministra spraw zagranicznych w gabinecie premiera Jana Fischera i pełnił ją do zaprzysiężenia kolejnego rządu[3][4], tj. do 13 lipca 2010. Zajął się następnie prowadzeniem własnej działalności gospodarczej, a także działalnością doradczą. Był prezesem czesko-chińskiej izby gospodarczej. 10 lipca 2013 po raz drugi stanął na czele MSZ, obejmując kierownictwo resortu w technicznym rządzie, na czele którego stanął Jiří Rusnok. Zakończył urzędowanie 29 stycznia 2014.
