25 września 2004 imię ppor. rez. Jana Bołbotta otrzymała Strażnica Straży Granicznej w Dołhobrodach (aktualnie Placówka Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej).
17 września 2008 w Lublinie, w budynku Collegium Iuridicum (dawny gmach Szkoły Lubelskiej) Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II przy ulicy Spokojnej, została odsłonięta tablica upamiętniająca Jana Bołbotta, projektu Zbigniewa Kotyłły[2].
17 grudnia 2009 Rada Miasta Lublina uchwałą Nr 923/XXXVII/2009 nadała jednej z ulic miasta imię Jana Bołbotta.