Realizacje artystyczne Berdyszaka obejmują szeroki wachlarz dziedzin i technik. Analityczna postawa, naukowy charakter prac, konsekwentnie realizowana koncepcja stanowią wyróżniki jego twórczości. Artysta zamyka swoje poszukiwania i realizacje w cykle, w obrębie których rozważa różne warianty danego zagadnienia. Podejmowane wątki niekiedy opracowuje na nowo i znajduje dla nich rozwinięcie w kolejnych seriach. Konstatacje Berdyszaka koncentrują się wokół zagadnień przestrzeni, określanej przez niego jako byt pierwszy, ale również gęstości, ciemności, pustki, przezroczystości i potencjalności.
W latach 1962 – 1964 artysta pracował nad cyklem Koła podwójne, w którym podjął próbę przezwyciężenia tradycyjnego sposobu konstruowania obrazu[4]. Rozwinięciem tej problematyki jest rozpoczęty w 1963 r. cykl Kompozycje kół, których otwartą formę twórca określił mianem formatu integralnego. W 1965 r. powstał Obraz strukturalny z otworem III, który wyznaczył etap poszukiwań wiążących się z wprowadzeniem do obrazu przestrzeni rzeczywistej. Równolegle z cyklami obrazów powstały realizacje rzeźbiarskie (Rysowane) i prace scenograficzne. Refleksją nad nurtującymi artystę problemami są Pokazy plastyki animowanej (1966 – 1970), które były szeregiem efemerycznych działań ze światłem, słowem i ruchem. Kolejna dekada lat 70. przyniosła penetrację zagadnień związanych z przestrzenią. Wówczas rozważania Berdyszaka koncentrowały się wokół pojęcia sacrum, czasoprzestrzeni i nieskończoności. Powstały wówczas m.in. cykle Przezroczyste (1970 – 1979), Ramy Wschodu (1972), Milczenie, (1972 – 1975), Miejsca rezerwowane (1973 – 1976), Nieskończoność (1975 -1977), Belki krzyża (1977 – 1988). Z lat 80. pochodzą projekty: Fragmenty jako całości radykalne (1982 – 1984), Inne do baz (1982 – 1984), Stany moralności (1985 – 1987), U kamienia (1986 – 1988), Ani konieczność, ani możliwość (1987 – 1995), Belki (1988 – 2001). Cykle z ostatnich lat to z kolei: Passe-par-tout, którego rozwinięciem jest Après passe-par-tout, Reinstalacje fotograficzne (kontynuowany od 1992), Powłoki (kontynuowany od 1995) i Popowłocza.
Jan Berdyszak nigdy nie wykonywał rzeczy. Jego obiekty przestrzenne nie miały kształtu skończonych przedmiotów, ani czegoś, co mogłoby nimi za chwilę być. Te „nie-rzeczy” artysty cechuje konkretność. Są one ujawnieniem jednostkowych sytuacji. Artysta chce pozostawić rzeczywistość taką, jaka jest, manifestując szacunek do lekceważonej na ogół potoczności. Chce „nie-tworzyć”, nawet w sztuce[5]. W szkicowniku 137 A z lat 1986-1987 Berdyszak notuje triadę pojęć ściśle związaną z refleksjami o "etyce ewolucyjnej" sztuki. Triadę tę tworzą oczywistość, pozorność i nierozstrzygalność[6].
