W latach 1993–1997 pracował jako specjalista w Sekcji Ewidencji i Analiz Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa w Oddziale Terenowym w Szczecinie. Od 1997 do 1999 był doradcą i sekretarzem ministra rolnictwa, następnie do 2000 współpracownikiem Banku Światowego oraz konsultantem w Fundacji Programów Pomocowych dla Rolnictwa „FAPA”. Od 2000 pełnił funkcję dyrektora organizacyjnego Forum Ekonomicznego w Krynicy, a od 2002 do września 2006 prezesa zarządu Fundacji Instytut Studiów Wschodnich. W latach 2002–2006 prowadził własną działalność gospodarczą w zakresie zarządzania i doradztwa. W czerwcu 2006 został prezesem Wojskowej Agencji Mieszkaniowej, a w okresie od 12 lutego 2007 do 26 listopada 2007 był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Obrony Narodowej.
Według dziennika "Gazeta Wyborcza", oraz tygodnika "Polityka", Kotas posiadał powiązania z mafią sołncewską, jedną z bardziej wpływowych rosyjskich organizacji przestępczych[3][4].
Jacek Kotas pozwał dziennikarza śledczego Tomasza Piątka za słowa zamieszczone w książce "Macierewicz i jego tajemnice". Piątek pisał o rosyjskich powiązaniach Kotasa i jego spółki deweloperskiej Grupa Radius i nazwał go "rosyjskim łącznikiem". Kotas wytoczył mu za to dwie sprawy – o ochronę dóbr osobistych i o zniesławienie - obie przegrał. W dniu 11.01.2023 r. Sąd Najwyższy, po wniesionej kasacji, również wydał wyrok korzystny dla Piątka. Można w nim przeczytać, że "oddalono środek zaskarżenia jako oczywiście bezzasadny"[5].
