Klub powstał w 1970 jako zakładowy zespół korporacji Yamaha Motor Company i trafił do Japońskiej Pierwszej Ligi, w której grał aż do utworzenia J.League, czyli do roku 1992. Z czasem trenerem drużyny został Marius Johan Ooft, który sprowadził do drużyny kapitana reprezentacji BrazyliiDungę, a także innych znanych w świecie zawodników. Z tymi osobami klub w latach 1997–1999 zdobył dwa mistrzostwa kraju oraz jedno wicemistrzostwo. Po zakończeniu kariery Dunga stał się doradcą klubu, a w klubie grało coraz mniej obcokrajowców. W 2002 roku Jubilo wygrało obie rundy J-League jako pierwszy zespół w historii i zostało po raz trzeci mistrzem Japonii. W sezonie 2019 zajął ostatnie miejsce i spadł do J2 League.
Stadion
Drużyna Júbilo Iwata domowe mecze rozgrywa na stadionie o nazwie Yamaha Stadium, który może pomieścić około 15 165 widzów[1]. Natomiast ważniejsze mecze, takie jak np. derby Shizuoki z Shimizu S-Pulse albo mecze z czołowymi drużynami J-League, Jubilo rozgrywa na stadionie Ecopa Stadium w mieście Fukuroi. Stadion ten był m.in. jedną z aren Mistrzostw Świata 2002. Piłkarze trenują na mniejszych obiektach o nazwach Okubo Ground oraz Iwata Sports Park Yumeria.
