Inkubacja jaj (z łac. incubare – wysiadywać) – termin odnoszący się do procesu, w którym określone zwierzęta jajorodne (składające jaja) lęgną jaja i do procesu rozwoju zarodka w jaju.

Specyficzna sytuacja występująca u ptaków i niektórych innych grup organizmów, w której ma miejsce czynność lub tendencja behawioralna siedzenia na jajach nazywana wysiadywaniem. Większość nieśnych ras drobiu jest pod tym względem sztucznie selekcjonowanych, by zwiększyć produkcję jaj^[1].

Inkubacja występuje u niektórych bezkręgowców, jak np.: u parzydełkowców (np. ukwiały i koralowce), u kilku chitonów, u niektórych ślimaków, głowonogów, małży, u wielu stawonogów, u niektórych kielichowatych, ramienionogów, mszywiołów i rozgwiazd^[2].

 Zobacz też: Zachowania lęgowe ptaków.

Okres inkubacji u ptaków, czyli czas od rozpoczęcia nieprzerwanego wysiadywania do wyklucia się młodych waha się od 11 dni, u niektórych małych gatunków wróblowych, kukawika czarnodziobego (Coccyzus erythrophthalmus), czy kukawika żółtodziobego (Coccyzus americanus), do 80 dni u albatrosa królewskiego (Diomedea epomophora)^[3] i kiwi północnego (Apteryx mantelli). U tych ostatnich inkubacja jest przerywana, a najdłuższy nieprzerwany okres inkubacji wynosi 64 do 67 dni u pingwina cesarskiego^[4]. Na ogół mniejsze ptaki mają tendencję do szybszego wykluwania się, jednak są wyjątki, a ptaki gniazdujące w wydrążonych w ziemi jamach mają tendencję do dłuższych okresów inkubacji. Proces ten może być energetycznie wymagający: dorosłe albatrosy tracą aż 83 g masy ciała każdego dnia wysiadywania^[5]. Inkubacja u nogali (Megapodiidae) trwać może od 49 do 90 dni, w zależności od wielkości kopca i temperatury otoczenia. Nawet u innych ptaków, temperatura otoczenia może prowadzić do różnic w okresie inkubacji^[6]. Normalnie, jaja inkubowane są na zewnątrz ciała. Jednakże w jednym odnotowanym przypadku, inkubacja jaja nastąpiła w całości wewnątrz ciała samicy. Pisklę wykluło się wewnątrz matki i wydostało się na zewnątrz, bez skorupki, prowadząc do odniesienia wewnętrznych ran, które zabiły kwokę^[7].

Rozwój zarodka pozostaje zawieszony do początku inkubacji. Świeżo złożone jaja kur domowych, strusi i wielu innych gatunków ptaków mogą być przechowywane przez około dwa tygodnie w temperaturze poniżej 5 °C. Dłuższe okresy zawieszenia rozwoju zarodka zaobserwowano u niektórych ptaków morskich^[8]. Niektóre gatunki rozpoczynają inkubację w momencie złożenia pierwszego jaja, w efekcie czego młode wykluwają się w różnych odstępach czasu. Inne rozpoczynają po złożeniu drugiego jaja tak, że trzecie pisklę jest mniejsze i bardziej podatne na niedobory żywności. Niektóre zaczynają wysiadywać po złożeniu ostatniego jaja z lęgu, co prowadzi do jednoczesnego wyklucia się piskląt^[9].

Poniższa tabela przedstawia okres inkubacji jaj u niektórych ptaków^[10][3]:

Spośród ssaków jaja składają tylko dziobaki i kolczatki. Jaja dziobaków rozwijają się w macicy przez około 28 dni, a tylko przez 10 dni na zewnątrz organizmu matki (w odróżnieniu od sposobu rozrodu ptaków, np. jajo spędza 1 dzień w drogach rodnych nioski i 21 dni na zewnątrz)^[11]. Po złożeniu jaj samica dziobaka owija się wokół nich. Czas inkubacji dzieli się na 3 fazy. W pierwszej fazie embrion nie posiada jeszcze funkcjonujących narządów i korzysta z zasobów zgromadzonych w pęcherzyku żółtkowym, absorbując żółtko^[12]. Podczas drugiej fazy rozwijają się palce, a w ostatniej pojawia się ząb jajowy^[13].

U niektórych płazów dochodzi do inkubacji jaj. Samica przewężnicy (Ensatina eschscholtzii), z rodziny bezpłucnikowatych, owija się wokół złożonych jaj i masuje osobno jaja za pomocą swojego tętniącego gardła^[14].

Niektóre wodne żaby, takie jak grzbietoród amerykański (Pipa pipa), posiadają na grzbiecie specjalne kieszenie lęgowe, w których umieszczane są jaja. Inne neotropikalne żaby z rodziny Hemiphractidae także mają kieszenie, w których rozwijają się jaja, u niektórych gatunków bezpośrednio w małe żaby, u innych w kijanki, które później są umieszczane w niewielkich zbiornikach wodnych, w których dalej się rozwijają^[15].

Samce żaby Darwina (Rhinoderma darwinii) noszą jaja w pysku do czasu przeobrażenia, a samice żab z rodzaju Rheobatrachus z Australii połykają jaja, które następnie rozwijają się w żołądku^[16].