W rozgrywkach Mistrzostw Mołdawii w 1992 debiutował w Wyższej Lidze Mołdawii. W sezonie 1995/96 zajął ostatnie 16. miejsce i spadł z pierwszej ligi. Jednak przed startem nowego sezonu klub wycofał się z rozgrywek. Potem występował w rozgrywkach lokalnych. W sezonie 1999/2000 pod nazwą Universitatea Comrat startował w Divizia B, w której zajął 4. miejsce. W 2000 przeniósł się do Kiszyniowa i z nazwą Universitatea-Tehnica Chișinău występował jedynie w rozgrywkach Pucharze Mołdawii. W 2001 powrócił do Komratu i zgłosił się do rozgrywek w Divizia A. Od sezonu 2001/02 do dziś[1] występuje w Divizia A. W 2003 zmienił nazwę na Găgăuzia Comrat. Po zakończeniu sezonu 2010/2011 klub ponownie powrócił do Divizia A po krótkim pobycie w najwyższej klasie rozgrywkowej.
