Charbonnier rozpoczął swoją karierę w amatorskiej drużynie SO Châtellerault, gdzie spędził sezon 2007/08. Zrobił takie wrażenie, że podpisał kontrakt z Paris Saint-Germain. Po spędzeniu sezonu w rezerwach, zdecydował się poszukać klubu, gdzie mógłby regularnie występować w pierwszym składzie. W czerwcu 2009 podpisał czteroletni kontrakt z Angers SCO[1]. Przez trzy sezony występował w Ligue 2 i trafił 23 bramki w 90 spotkaniach.
20 czerwca 2012 podpisał kontrakt z Mistrzem Francji – Montpellier HSC[2].
