Fundusz Partnerstwa został powołany jako kontynuacja założonego w 1992 roku Programu Małych Dotacji Polskiego Biura Environmental Partnership for Central Europe[3], który był administrowany przez German Marshall Fund(inne języki), a od 1997 roku przez Fundację Partnerstwo dla Środowiska, z której Fundusz Partnerstwa został wyodrębniony. W początkach swojej działalności Fundusz realizował programy dotacyjne takie jak m.in.: Szkoły dla Ekorozwoju, Zielone Szlaki Greenways, Fundusz Kropli Beskidu[4].
Od 2022 roku Fundusz jest członkiem Europejskiej Sieci Citizen Initiatives in Global Solidarity (CIGS – Inicjatywy obywatelskie w globalnej solidarności)[5].
↑AndreasA.BeckmannAndreasA., RobertR.TollesRobertR., A Decade of Nurturing of Nurturing the Grassroots the Grassroots, Environmental Partnership for Central Europe, 2000(ang.). Brak numerów stron w książce
↑MałgorzataM.ŁuszczekMałgorzataM., AnnaA.WoźniakAnnaA., IlonaI.ŁuszczekIlonaI. (red.), Woda nasze dziedzictwo. Zbiór studiów przypadków z Programu Fundusz Kropli Beskidu, 2007, s. 5(pol.).