Po śmierci ojca Pawła Fryderyka, Fryderyk Franciszek II. został w wielu 19 lat Wielkim Księciem Mecklenburgii-Schwerinu. Fryderyk Franciszek II. dużo podróżował. Między innymi do Rosji, Włoch oraz do Azji. Pod wpływem wydarzeń rewolucyjnych z lat 1848–1849 Fryderyk Franciszek II. zgodził się nadać księstwu konstytucję. W 1864 roku, w czasie wojny niemiecko-duńskiej otrzymał propozycję wystawienia swojego korpusu. Odmówił jednak ze względu na bliskość granicy z Danią, a także z uwagi na fakt, iż był osobistym przyjacielem króla Danii. W wojnie francusko-niemieckiej walczył jako dowódca korpusu 6. Dywizji Kawalerii (14 i 15 Brygady), a od 1 września1870 roku jako dowódca XIII armii.
Fryderyk Franciszek II w polityce wewnętrznej do roku 1848 osiągnął niewiele. Koniecznym socjalnym i gospodarczym zmianom przeciwstawiało się nadmorskie mieszczaństwo i potentaci ziemscy jako konserwatywne siły w kraju. Dopiero wydarzenia lat 1848/49 sprawiły, iż uchylona została coraz bardziej odczuwana jako anachronizm konstytucja stanowa. Pod naciskiem meklemburskiego ruchu reformy, ze sprytnym pociąganiem za sznurki przez pierwszego ministra Ludwika von Lützow, unieważniono w sierpniu 1849 ustawę zasadniczą jako konstytucję i w Meklemburgii-Schwerin wprowadzono zasadę równości. Stara konstytucja stanowa przestała istnieć, arystokracja jako stan została zlikwidowana. Tak jak w innych częściach Niemiec, tak samo w Meklemburgii wprowadzone przez rewolucję zmiany nie trwały długo.
Fryderyk Franciszek nie mógł się przeciwstawić antyreakcyjnej falandze miejscowego rycerstwa, wielkiemu księciu von Mecklenburg-Strelitz i królowi Prus Fryderykowi Wilhelmowi IV (swojemu wujowi), do tego był religijnie i antydemokratycznie usposobiony przez krewnych i rodzinę. Skrupuły religijne, nacisk z wielu stron i zagrożenie z Prus, że w razie konieczności ich oddziały wkroczą do Meklemburgii-Schwerin, spowodowały zmianę obozu przez wielkiego księcia. Ostrożnie konserwatywny reformator von Lützow musiał ustąpić, restytuowano ustawę zasadniczą, stan rzeczy sprzed rewolucji w kraju został przywrócony. Kontrreakcja zwyciężyła[1].
Wraz z przystąpieniem do Związku Północnoniemieckiego w 1867 roku wprowadzono także w Meklemburgii ogólne i równe prawo wyborcze, przynajmniej dla wyborów do północnoniemieckiego Reichstagu. W wojnie francusko-pruskiej wielki książę próbował poprzez dowództwo nad oddziałami przynajmniej w dziedzinie militarnej i poza krajem osiągnąć sukces i satysfakcję, co mu w ojczyźnie, gdzie pozostawał wielokrotnie zależny od silnego rycerstwa, nie chciało się udać. Ale także tutaj Fryderyk Franciszek II był w najlepszym wypadku przeciętny, co widoczne jest w jego przekonującej korekcie (auto-) prezentacji jego osoby jako bohatera zjednoczeniowych wojen pruskich.
Fryderyk Franciszek II z wiary w Boga starał się stworzyć fundamentalne podstawy swojego rozumienia roli monarchy, czuł się jednak często niedostatecznie przygotowany do tego zadania[2]. Jego obstawanie przy stworzonej przez rewolucję wyższej radzie kościelnej i rozwój luteranizmu służyły chrześcijańskiej prawowitości domu wielkiego księcia i wskazują na wzmocnienie monarchistycznych wymagań jako władcy. Prywatna i charytatywna funkcja rodziny wielkiego księcia jako przykładu, która wynoszona była na zewnątrz poprzez przedstawianie jej na obrazach, pokazywana jest wraz z przebudową zamku i inscenizacją wiejskiej idylli jako azylu[3]. Wielki książę w wojnach zjednoczeniowych 1866 i 1870 istotnie przyczynił się do rozwinięcia nowoczesnej świadomości narodowej.
Małżeństwa i rodzina
Fryderyk Franciszek II. był trzykrotnie żonaty. Z wszystkich trzech małżeństw doczekał się jedenaściorga dzieci. Dużo problemów przysparzał Fryderykowi Franciszkowi II. najstarszy syn i następca tronu, przyszły wielki książę Fryderyk Franciszek III., który od dzieciństwa przewlekle chorował, przez co wymagał troskliwej opieki i specjalnego traktowania. Fryderyk Franciszek II. zmarł 15 kwietnia 1883 roku.
Potomstwo
Z pierwszego małżeństwa z księżniczką Augustą Reuß zu Schleiz-Köstritz (1822–1862), miał wielki książę sześcioro dzieci:
Ludwig von Hirschfeld: Friedrich Franz II., Grossherzog von Mecklenburg-Schwerin, und seine Vorgänger. 2 Bände, Berlin: Duncker & Humblot 1891
Rene Wiese: Orientierung in der Moderne. Großherzog Friedrich Franz II. von Mecklenburg in seiner Zeit., Bremen 2005, ISBN 3-86108-053-2.
Rene Wiese: Vormärz und Revolution: die Tagebücher des Großherzogs Friedrich Franz II. von Mecklenburg-Schwerin 1841–1854, Köln: Böhlau 2014, ISBN 978-3-412-22271-0.