Później Fokaja rozpoczęła kolonizację zachodnich wybrzeży Morza Śródziemnego. Około roku 600 p.n.e. Fokajczycy założyli Massalię (dzisiejsza Marsylia), a około 560 p.n.e.Alalię na Korsyce. Niewykluczone, że założyli również krótkotrwałe kolonie na Sardynii. Ich flota pokonała na początku VI w. p.n.e.Kartagińczyków, co pozwoliło Fokajczykom czerpać duże zyski z handlu w północno-zachodniej części Morza Śródziemnego. Ich żeglarze docierali nawet do zachodnich wybrzeży Hiszpanii.
Gdy w roku 546 p.n.e. wojska perskie dotarły do Jonii, większość mieszkańców Fokai zdecydowała się opuścić miasto i odpłynąć do Alalii na Korsyce. W 535 p.n.e. Fokajczycy starli się pod Alalią z połączonymi flotami Kartaginy i Etrusków. Ponieśli w bitwie ogromne straty i musieli opuścić Korsykę. Osiedlili się ostatecznie w Elei na południowo-zachodnim wybrzeżu Italii.
Pozostali w mieście uczestniczyli później w powstaniu miast jońskich przeciw panowaniu perskiemu.
Fokaja znana jest także dzięki Homerowi z jego Odysei. Na wyspach leżących w pobliżu miasta miały według tego eposu zamieszkiwać syreny (dziś wiadomo [potrzebny przypis], że w rzeczywistości istniała tam jedna z ostatnich ostoi fok na Morzu Śródziemnym i że ich obecność mogła zainspirować opowieść Homera).
