Był młodszym synem badacza Antarktydy sir Ernesta Shackletona i Emily Dorman. W 1938 r. poślubił Betty Homan i miał z nią dwoje dzieci – Charlesa Edwarda Ernesta oraz Alexandrę.
W 1946 r. Shackleton został wybrany do Izby Gmin jako reprezentant okręgu Preston. Od 1950 r. reprezentował okręg wyborczy Preston South. W 1955 r. utracił miejsce w Izbie Gmin. W 1958 r. został kreowany parem dożywotnim jako baron Shackleton i zasiadł w Izbie Lordów. Po wybranych przez Partię Pracy wyborach 1964 r. rozpoczął pracę w ministerstwie obrony, gdzie odpowiadał za sprawy RAF-u. W 1967 r. został członkiem gabinetu jako minister bez teki. W 1968 r. był przez krótki czas Lordem Tajnej Pieczęci, następnie Paymaster-General, aż wreszcie do 1970 r. ponownie Lordem Tajnej Pieczęci i przewodniczącym Izby Lordów. Do 1974 r. stał na czele Partii Pracy w izbie wyższej.
Od 1971 r. Shackleton był przewodniczącym Królewskiego Towarzystwa Geograficznego. W 1994 r. został dożywotnim prezesem James Caird Society. Od 1962 r. był patronem British Schools Exploring Society. Pełnił również funkcję prokanclerza Uniwersytetu Southampton. W 1974 r. został kawalerem Orderu Podwiązki. Zmarł w 1994 r.
