1 maja1927 roku papież Pius XIbulląQui peculiari erygował prefekturę apostolską Tumaco. Do tej pory tereny nowej prefektury wchodziły w skład diecezji Cali oraz Pasto.
29 października1999 roku konstytucją apostolską Carmelitarum Excalceatorum papież Jan Paweł II podniósł wikariat apostolski Tumaco do godności diecezji.