Klub założony został 8 października1954 roku pod nazwą 9 de Julio. W roku 1956 klub przystąpił do piłkarskiego związku narodowego AFA i rozpoczął grę w piątej lidze (Primera D). W 1968 roku klub przyjął obecną nazwę - Club Social y Deportivo Merlo. W roku 1969 oddany został do użytku stadion klubu Estadio José Manuel Moreno, mający pojemność 6500 widzów. Obecnie klub gra jako beniaminek w trzeciej lidze argentyńskiej Primera B Metropolitana.