Dōgen pochodził z arystokratycznej rodziny dworskiej. Jego rodzice zmarli wcześnie (ojciec, gdy miał 3, matka – 8 lat). Był utalentowanym i wrażliwym dzieckiem, mając cztery lata czytał chińską poezję. Śmierć rodziców unaoczniła Dōgenowi głoszoną przez buddyzm nietrwałość rzeczy (jap. mujō) i pchnęła młodzieńca do rozważań na temat życia i śmierci. Mając 13 lat został mnichem, wstąpił do klasztoru Enryaku-ji na górze Hiei (klasztor szkoły Tendai), gdzie przyjął święcenia z rąk przełożonego klasztoru (jap. zasu) Kōena. Ze względu na to, że odpowiedzi, jakie nauka tendai oferowała jako rozwiązania ogarniających go wątpliwości doktrynalnych były niewystarczające, rozpoczął studiowanie zen rinzai pod kierunkiem Eisaia (1141–1215), założyciela japońskiej szkoły rinzai, a po jego śmierci u jego ucznia, mistrza Myōzena (1184–1225). Wraz ze swoim mistrzem, Dōgen wierzył, że podobnie jak Eisai, odkryje prawdziwe znaczenie zen w Chinach, ojczyźnie tej szkoły. W wieku 24 lat udał się więc z Myōzenem w daleką i podówczas niebezpieczną podróż do Chin. W marcu 1223 statek, którym podróżowali, zawinął do chińskiego portu Ningbo.
Z zapisków Dōgena wiadomo, że został na statku przez pierwsze trzy miesiące, odwiedzając jedynie świątynie znajdujące się w pobliżu portu. Najprawdopodobniej chciał dobrze nauczyć się mówionego języka chińskiego, aby móc rozmawiać z chińskimi mistrzami. Niektóre źródła wskazują jednak, iż przyczyną przedłużającego się pobytu w Ningbo był spór Dōgena z władzami hierarchii zenistycznej co do jego miejsca we wspólnocie (nie chciano uznać wskazań buddyjskich Dōgena, otrzymanych na górze Hiei). Natomiast Myōzen od razu udał się do oddalonego o ok. 25 milklasztoruJingde (jap. Keitoku) na górze Tiantong (jap. Tendō), w którym ich wspólny mistrz Eisai przebywał trzydzieści lat wcześniej.
Później Dōgen dołączył do Myōzena. Klasztor Jingde (tradycji linji, jap. rinzai), którego przełożonym był Wuji Liaopai (jap. Musai Ryōha), był wówczas jednym z pięciu największych klasztorów w Chinach. W czasie, gdy przebywali tam pielgrzymi z Japonii medytowało wraz z nimi ponad pięciuset mnichów.
Dōgen poznał w chińskim klasztorze wiele rzeczy, o których nigdy wcześniej nie słyszał w Japonii. Jednak im bliżej poznawał życie w klasztorze Jingde, tym bardziej dostrzegał negatywne zjawiska (poruszyła Dōgena do głębi ogólna akceptacja poglądu o równorzędności nauk taoizmu, konfucjanizmu i nauk buddyjskich). W 1224 zmarł przełożony Wuji i wówczas rozczarowany Dōgen wyruszył do innych klasztorów w poszukiwaniu prawdziwego nauczyciela.
Przez ponad pół roku odwiedzał różne klasztory, głównie tradycji linji m.in. Wanshou (jap. Banju) na górze Jing (jap. Kin), ale wciąż nie dopiął celu swej podróży – znalezienia prawdziwego nauczyciela. Rozgoryczony myślał nawet o powrocie do ojczyzny. Postanowił jednak spróbować raz jeszcze w swoim pierwszym klasztorze, którego nowym przełożonym został słynny mistrz tradycji caodong (jap. sōtō, również sōdō) Tiantong Rujing (jap. Tendō Nyojō, 1163–1228). Dōgen napisał list, w którym prosił Rujinga o nauczanie. Otrzymał zgodę i spędził w klasztorze Jingde kolejne cztery lata (po dwóch latach intensywnego treningu osiągnął przebudzenie). Dōgen bardzo cenił swojego mistrza. Nie chcąc stracić żadnego jego słowa, Dōgen zaczął zapisywać swoje rozmowy. Zapiski te zostały odkryte dopiero po jego śmierci, w 1254, wśród jego osobistych rzeczy. Odkrycia dokonał jeden z uczniów Dōgena, Kōun Ejō, który opracował je pod tytułem Hōkyōki (Zapiski ery Baojing). Pierwsza kopia datowana jest na 9 grudnia1253.
W 1227, mając 28 lat, Dōgen powrócił do Japonii. Drogę powrotną do ojczyzny odbył sam, gdyż Myōzen zmarł w 1225.
Początkowo, do 1230, Dōgen przebywał w założonym przez Eisai'a klasztorze Kennin-ji. Później przeniósł się do świątyni Fukakusa Anyōin, w której sam nauczał. Tam również rozpoczął pisanie swojego wielkiego dzieła, Shōbōgenzō (Oko i Skarbiec Prawdziwego Prawa), które w zamierzeniu Dōgena miało być kompletnym i wielostronnym przedstawieniem Prawa Buddy. Shōbōgenzō, jako pierwsze dzieło religijne w Japonii, zostało napisane w języku japońskim. Obok Shōbōgenzō napisał też szereg pism niezależnych, z których najbardziej znany jest Fukan Zazen-gi napisany przez Dōgena tuż po powrocie z Chin w świątyni Kennin-ji w Kyoto jesienią 1227[1]. Następnie Dōgen przeniósł się do Kannon Dōri Kōshōhōrinji (Kōshō-ji). Dōgen chciał uczynić z Kōshō-ji klasztor, w którym praktykuje się prawdziwy buddyzm i tam dołączył doń m.in. Ejō, jego najbliższy uczeń i jedyny spadkobierca jego Prawa.
W 1243 na skutek prześladowań uznanych instytucji religijnych Dōgen przeniósł się do prowincji Echizen (obecnie prefektura Fukui), gdzie założył klasztor Eihei. Z krótką przerwą przebywał tam aż do 1253, kiedy w bardzo złym stanie zdrowia wyruszył w celu podjęcia leczenia do Kioto. Zmarł w Kioto w domu świeckiego wyznawcy.
Dōgen, Zasady uprawiania zalecanej wszystkim siedzącej medytacji (przekł. z oryg. chińskiego [Fukan zazengi] Maciej Kanert), Wydawnictwo A, Kraków 2002.
Dōgen, Zbiór zasad, na które należy zwrócić szczególna uwagę studiując Drogę, pierwszego patriarchy [klasztoru] Eihei (przeł. z oryg. chińskiego [Gakudō yōjinshū] Maciej Kanert), „Silva Iaponicarum”, Fasc. 1 (Autumn 2004) http://www.silvajp.amu.edu.pl/Silva%201.pdf.
Dōgen, Oko i Skarbiec Prawdziwego Prawa. O praktykowaniu Drogi. Zwoje I-XVI (przekł. z oryg. japońskiego [Shōbōgenzō] Maciej Kanert), Wydawnictwo Homini, Kraków 2005.
↑Fushan Fuyuan został wliczony w tę linię przekazu; gdy nie jest wliczany, Touzi Yiqing jest 44/17 spadkobiercą i cała linia przekazu przesuwa się o jednostkę mniej
W kryzysowym momencie braku wartościowego spadkobiercy (przeżył wybranych) Dayang Jingxuan zwrócił się o pomoc do mistrza Fushana Fayuana o zostanie jego spadkobiercą Dharmy. Fushan zgodził się w ten sposób szkoła caodong przetrwała i została w przyszłości przeniesiona do Japonii przez Dōgena Kigena.
