Gdy w 1991 Kiro Gligorow objął urząd prezydenta, Branko Crwenkowski został nowym liderem SKM-PDP, przekształcając to ugrupowanie w Socjaldemokratyczny Związek Macedonii. Partią kierował nieprzerwanie do 2004[1]. W sierpniu 1992, po upadku wielopartyjnego rządu Nikoły Klusewa, lider socjaldemokratów został nowym premierem. Większość dla jego gabinetu zapewniły ugrupowania Albańczyków oraz niewielkie partie liberałów i socjalistów. Jego ugrupowanie zwyciężyło także w kolejnych wyborach w 1994; pozwoliło mu to zachować urząd premiera, który sprawował do listopada 1998, gdy po kolejnych wyborach władzę w kraju przejęła centroprawicowa opozycja z WMRO-DPMNE.
Branko Crwenkowski przez czteroletnią kadencję zasiadał w parlamencie, pełnił rolę lidera opozycji. W listopadzie 2002 powrócił na urząd premiera. W 2004 wystartował w przedterminowych wyborach prezydenckich rozpisanych po śmierci Borisa Trajkowskiego. W pierwszej turze otrzymał około 43% głosów. W drugiej poparło go niespełna 63% głosujących, pokonał w niej tym samym Saszka Kedewa[2]. Urząd prezydenta objął w maju 2004 i sprawował przez pełną pięcioletnią kadencję, kiedy to nie zdecydował się ubiegać o reelekcję. W 2009 powrócił do pełnienia funkcji przewodniczącego SDSM, kierując tym ugrupowaniem do 2013[1].