W 1803 roku został asystentem Cuviera w paryskim Collège de France[2][3]. Lamarck powierzył mu aktualizację swojego dzieła Flore française, do którego de Candolle dodał 1300 gatunków, kierując się systematykąAntoine's Laurenta de Jussieu (1748–1836) niż systemem Lamarcka[2]. W 1806 roku de Candolle otrzymał zlecenie od ministra ds. wewnętrznych Szampanii zbadania związku pomiędzy botaniką, rolnictwem i geografią na terenie całej Francji[2]. Przeprowadzane badania (1806–12) były podstawą dla opublikowanej w 1813 roku teorii botaniki – Théorie élémentaire de la botanique[2][3]. W 1808 roku objął katedrę botaniki na uniwersytecie w Montpellier[2].
W 1816 roku powrócił do Genewy, gdzie objął katedrę historii naturalnej (botaniki i zoologii) na uniwersytecie[2]. Przyczynił się do otwarcia w 1817 roku genewskiego ogrodu botanicznego (fr.Jardin botanique des Bastions)[2]. De Candolle angażował się również społecznie, m.in. za jego zaangażowaniem powstało Société d'encouragement pour l'industrie nationale[2].
Augustin Pyrame de Candolle zmarł 9 września 1841 w Genewie[2].
Działalność naukowa
Augustin de Candolle zajmował się przede wszystkim morfologią i fizjologią roślin[2]. Stworzył jeden z pierwszych systemów naturalnych klasyfikacji roślin[2][4][5]. Uważał, że to anatomia, a nie fizjologia roślin, powinna być jedyną podstawą ich klasyfikacji[3]. W 1813 roku wprowadził termin taksonomii[3]. System de Candolle's wraz z zasadami ewolucji naturalnej Charles'a Darwina stworzył podwaliny dla współczesnej teorii ewolucji roślin[3].