Rodzina Cissokho pochodzi z Senegalu. Karierę piłkarską zawodnik rozpoczął we francuskim FC Gueugnon. W 2007 roku stał się członkiem kadry pierwszego zespołu, a 25 maja 2007 zadebiutował w jego barwach w Ligue 2 w wygranym 2:1 wyjazdowym spotkaniu z FC Metz. W sezonie 2007/2008 rozegrał w Gueugnon 21 meczów, ale nie zdołał awansować z tym klubem do Ligue 1.
Na początku 2009 roku Cissokho został sprzedany za 300 tysięcy euro do FC Porto i podpisał z nim czteroletni kontrakt. Stał się podstawowym zawodnikiem tego zespołu, a 24 stycznia 2009 rozegrał w jego barwach swój pierwszy mecz, wygrany 2:0 na wyjeździe z SC Braga. Z Porto został mistrzem Portugalii, a także dotarł do ćwierćfinału Ligi Mistrzów. Zdobył też Puchar Portugalii.
14 czerwca 2009 roku francuski obrońca za kwotę piętnastu milionów euro został kupiony przez włoski zespół A.C. Milan[1]. Kilka dni później włoskie media poinformowały, że piłkarz nie przeszedł pozytywnie testów medycznych (problemy z zębami) i nie dołączy do Milanu[2]. Działacze włoskiego klubu zdecydowali się wypożyczyć Cissokho na jeden sezon z opcją transferu definitywnego, jednak wiceprezydent drużyny – Adriano Galliani powiedział, że żądania Porto odnośnie do wypożyczenia są zbyt wysokie[3]. Następnie Porto zmniejszyło cenę za swojego zawodnika z 15 na 10 milionów euro[4][5].
18 lipca 2009 roku podpisał 5-letni kontrakt z Olympique Lyon. Kosztował 15 milionów euro. Za kwotę około 10 milionów euro, 23 sierpnia 2012 roku, piłkarz przeniósł się do jednej z czołowych hiszpańskich drużyn, Valencii.
20 sierpnia 2013 roku podano do publicznej wiadomości wypożyczenie Francuza do Liverpoolu na okres całego sezonu[6].
