Otwarcie poprzedził ukaz carski Aleksandra I z 2/15 stycznia 1812 roku, ogłoszony w Połocku w języku polskim i rosyjskim w dniu 15/28 czerwca 1812 roku. Akademia Połocka dorobiła się filii w Krasławiu, Mohylowie, Romanowie, Petersburgu, Astrachaniu, Rydze, Odessie[2]. Zamknięto ją w 1820 roku w następstwie kasaty Towarzystwa Jezusowego i wypędzenia jezuitów z zaboru rosyjskiego. Akademię zamknięto w 1820 roku, a kadra profesorska rozjechała się po świecie. I tak filozof i profesor Akademii, Wincenty Buczyński wykładał na Uniwersytecie w Louvain, a Franciszek Dzierożyński utworzył sieć szkół katolickich w USA. W roku zamknięcia Akademia liczyła około 700 studentów i 30 profesorów, w szkołach jej podległych – ok. 2300 uczniów.
Duchowym spadkobiercą Akademii Połockiej jest Bobolanum w Warszawie, część Papieskiego Wydziału Teologicznego (PWT), który składa się z dwóch Sekcji: św. Andrzeja Boboli (Bobolanum) i św. Jana Chrzciciela. W obowiązujących obecnie statutach wspomina się o tym, że Bobolanum „posiada historyczne powiązania z Akademią Połocką założoną przez zakon Towarzystwa Jezusowego i rząd rosyjski w 1812 roku”. W kościele połockim złożono trumnę św. Andrzeja Boboli, patrona Bobolanum i od 16 maja 2002 roku Patrona Polski. Relikwie Męczennika pozostały w Połocku (do 1922 roku), zaś jezuici z Akademii musieli opuścić miasto w roku 1820: po wypędzeniu z zaboru rosyjskiego przybyli do Małopolski (wówczas Galicja pod zaborem austriackim), gdzie w końcu studium teologiczne znalazło siedzibę w Krakowie.
Struktura uczelni
Akademia Połocka miała 3 wydziały: teologii, filozofii oraz nauk wyzwolonych i filologii klasycznej i współczesnej. W krótkim okresie działalności Akademia nadała ponad 100 tytułów doktora teologii i obojga praw. Cieszyła się na Kresach wielką popularnością, konkurując z Uniwersytetem Wileńskim także doskonałą i międzynarodową kadrą profesorską. Uczelnia miała bogatą bibliotekę (zagrabioną i wywiezioną do Petersburga po wypędzeniu jezuitów z Akademii), doskonale wyposażone pracownie naukowe, drukarnię oraz wydawała własne pismo, Miesięcznik Połocki. Akademia sprawowała nadzór nad placówkami w Czeczersku, Dźwińsku, Mohylewie, Mścisławiu, Orszy i Witebsku.