Okolica była zamieszkana już w starożytności. Rzymianie wybudowali tędy drogę i most[2]. W IV wieku n.e. pojawiła się tu społeczność chrześcijańska[3]. Miasto w obecnej formie rozwinęło się pod panowaniem osmańskim. W 1922 znalazło się we francuskim mandacie Syrii i Libanu[2], zaś od 1946 w granicach niepodległej Syrii.
Wojna w Syrii
W czasie syryjskiej wojny domowej syryjska administracja publiczna ewakuowała się z Afrinu, który przejęły kurdyjskie Powszechne Jednostki Ochrony. Od 2014 do marca 2018 miasto stanowiło stolicę kantonu wchodzącego w skład autonomicznej Rożawy[4]. Odtąd władzę regionu stanowili Kurdowie. W 2015 roku powstał nieoficjalny uniwersytet w Afrinie, nauczający w języku kurdyjskim[5].
20 stycznia 2018 Turcja ogłosiła rozpoczęcie operacji wojskowej „Gałązka Oliwna”. Tego samego dnia Afrin został zbombardowany przez tureckie lotnictwo[6]. 18 marca 2018 Tureckie Siły Zbrojne i wspierające je bojówki zajęły miasto[7], które następnie splądrowały[8]. 12 kwietnia Turcy powołali sprzyjającą im „radę lokalną”[9].
10 lutego 2020 wybuch bomby podłożonej w samochodzie zabił w Afrinie trzy osoby[10]. 28 kwietnia tegoż roku w kolejnym zamachu w Afrinie zginęło ponad czterdzieści osób[11]. O sprawstwo ataków podejrzewano fundamentalistów islamskich[12].
13 października 2022 podczas walk pomiędzy islamistami Afrin został zdobyty przez HTS[13].