Na podstawie rozkazu Nr 06/Org. Ministra Obrony Narodowej z dnia 27 kwietnia 1956 oraz zarządzenia Nr 064/Org. szefa Tyłów Pomorskiego Okręgu Wojskowego z dnia 1 czerwca 1956 w Grupie koło Grudziądza została sformowana51 kompania rozpoznania chemicznego i odkażania uzbrojenia. Dowódcą kompanii został kpt. Tadeusz Małkiewicz.
Zarządzeniem Szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego z września 1957 r., w listopadzie 1957 r. kompania została przeformowana w 4 batalion rozpoznania chemicznego i odkażania uzbrojenia, a batalion przeniesiono do Torunia. W skład batalionu wchodziły: kompania rozpoznania skażeń i 2 kompanie odkażania uzbrojenia. 22 lipca 1960 batalion otrzymał sztandar ufundowany przez mieszkańców powiatu lipnowskiego.
Zarządzeniem Nr 0109/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 21 października 1961 batalion został przeformowany w 4 Batalion Zabiegów Specjalnych i Rozpoznania Skażeń. W skład batalionu wchodziły: kompania rozpoznania skażeń i dwie kompanie zabiegów specjalnych.
Na podstawie rozkazu Ministra Obrony Narodowej z dnia 25 października 1963 r. batalion został dyslokowany do Brodnicy, gdzie stacjonuje do chwili obecnej.