Obtenguèt la papautat après l'abdicacion de Beneset IX en sa favor, probablament en cambi d'una importanta soma. Deviá faciar un papa rivau, Silvèstre III elegit per d'adversaris de Beneset IX. Puei, rapidament, foguèt tanben contestat per Beneset IX eu meteis que voliá revenir sus sa decision de renonciar au tròne pontificau. Per resòuvre aquelei dificultats, Gregòri VI reüniguèt un sinòde que condamnèt Silvèstre III. Pasmens, leis evesques condamnèron egalament Gregòri VI qu'aviá crompat sa carga e que deguèt abdicar.
